El sistema respiratorio puede modificar la frecuencia respiratoria, según las necesidades del intercambio gaseoso y del equilibrio acidobásico, provocando una mayor o menor eliminación de CO2 con la espiración. Cuando aumenta la frecuencia respiratoria se produce hiperventilación y se elimina más CO2. Por el contrario, si la frecuencia respiratoria disminuye, se produce hipoventilación y se elimina menos cantidad de CO2. La posibilidad de perder CO2 por hiperventilación permite desplazar la reacción:

Hacia la derecha, con el consiguiente consumo de hidrogeniones y aumento del pH. Sin embargo, la retención de CO2 por hipoventilación para evitar la pérdida de hidrogeniones está muy limitada, ya que este mecanismo es muy mal tolerado por las células.
Las alteraciones que producen acidosis provocan una rápida respuesta por parte del sistema respiratorio, de forma que los centros respiratorios aumentan la frecuencia respiratoria y se elimina más CO2 (el resultado final es una elevación del pH). Por el contrario, los trastornos que cursan con alcalosis disminuyen la frecuencia respiratoria y retienen CO2 (el resultado final es un descenso del pH).
Las ventajas del sistema respiratorio son su gran rapidez de actuación y su eficacia en la eliminación de hidrogeniones. Las desventajas son su limitada capacidad para retener H+ y su incapacidad para actuar sobre los bicarbonatos.
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