Además de los cambios morfológicos ya mencionados (coloración más intensa, aparición de tubérculos nupciales, etc.) durante el periodo reproductivo se produce internamente el crecimiento de las gónadas, que sufren una maduración en los meses previos. Esta maduración conlleva la producción y crecimiento de los óvulos (huevos) en el caso de las hembras, y la producción de esperma en los machos. El desarrollo de la gónadas, sobre todo en las hembras, requiere el gasto de la mayor parte de las reservas alimenticias acumuladas durante el resto del año.
Previamente a la puesta de los huevos, llamada freza, puede aparecer algún tipo de cortejo por parte de los machos, pero muy simple; en la mayoría de los ciprínidos este comportamiento es muy limitado y sin ningún tipo de sofisticación. La freza se suele llevar en cabo en fondos pedregosos o de gravas, en zonas bien oxigenadas de los ríos, o bien sobre aguas someras con abundante vegetación y sin corriente. La freza se lleva a cabo cuando la temperatura del agua alcanza un determinado valor, o entre un rango de valores muy determinado según especie. De esta manera, existen especies que frezan en otoño o invierno como los salmónidos y otras que lo hacen en primavera o verano, como los ciprínidos. En cualquier caso, esto es una característica variable que depende de la climatología del lugar en el que se localice cada población. En las cabeceras de los ríos, más frías, la reproducción suele retrasarse con respecto a las zonas más bajas. Igualmente en las regiones más norteñas la reproducción se retrasará con respecto a las situadas más al sur.
Las especies migradoras diádromas, constituyen un caso especial en el aspecto reproductivo de los peces. Se Suele dividir en dos grupos, aquellas que viviendo en el mar suben a los ríos a reproducirse y aquellas que viven en el río pero se reproducen en el mar. Entre las primeras, que se denominan anádromas, nos encontramos al esturión, la lamprea de mar, los sábalos, las sabogas y los salmones. Entre las segundas, denominadas catádromas, se encuentran la anguila y ciertas especies de lisas.
La fecundación en la mayoría de los peces es externa. Durante la misma, el macho riega con su esperma los huevos que va depositando la hembra. Una excepción a este tipo de reproducción es la gambusia, que poseen fecundación interna. Los machos han transformado sus aletas pélvicas en un sofisticado órgano copulador y las hembras, que pueden almacenar semen durante el invierno, paren a sus crías vivas.
El número de huevos puestos es muy variable pues depende de la especie, del tamaño de la hembra, de la edad, del estado de salud, del alimento disponible, de la calidad hábitat acuático, etc. Hay especies que realizan una única puesta, mientras que otras especies realizan varias. Nuestras especies más fecundas son el esturión y la anguila. En los ríos, la carpa y el barbo serían las más prolíficas.
En general la mayoría de los peces de las aguas continentales de Andalucía, se desentienden de la puesta y no cuidan a su descendencia. Excepciones como el espinoso (extinto en Andalucía) que incluso construye un nido, son raras. El tiempo que necesita un huevo para desarrollarse y eclosionar, está directamente relacionado con la temperatura del agua. A mayor temperatura, más rápido se desarrollan. Los huevos de las truchas pueden eclosionar a los 80 días, mientras que los de la carpa pueden hacerlo en 5.
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