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Existen tres métodos fundamentales para efectuar la esterilización. Ellos son:
La esterilización por muerte o inactivación garantiza la eliminación de los microorganismos, sin necesidad de que se desintegren sus células. Puede efectuarse mediante radiaciones, por calentamiento (húmedo o seco), o a través de agentes químicos. El método de destrucción total de microorganismos es el más restringido, a pesar de su elevada efectividad. Se traduce en un calentamiento considerable del material o en el uso de agentes oxidantes muy potentes. La eliminación por medios físicos se restringe al uso de gases líquidos y se realiza por filtración, usando filtros fibrosos (de lana de vidrio, amianto o esteres de celulosa) o absolutos (materiales cerámicos, vidrio o metal sinterizado).
Algunos de los agentes esterilizantes físicos más empleados son las altas y bajas temperaturas, radiaciones (ionizantes o no ionizantes), filtración, cambios de presión osmótica y desecación. Dentro de los agentes químicos, se destacan los agentes gaseosos, aldehídos, metales, ácidos y álcalis, detergentes, alcoholes, halógenos, fenol y sus derivados.
Existen ciertos factores que pueden alterar o modificar la acción de los agentes esterilizantes. Las condiciones ambientales –por ejemplo- definen el éxito de la esterilización en algunos casos. De igual forma, el estado fisiológico y la sensibilidad de las células influyen en estos procesos. Una medida muy efectiva, rápida y sencilla para evitar la propagación de microorganismos, es el correcto lavado de las manos. Esto limitaría la propagación de ciertas infecciones oportunistas.