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La microbiología alimentaria es una clasificación de la microbiología que estudia la influencia de microorganismos en los productos o alimentos que consumen los seres humanos. De esta forma, agrupa aspectos que forman parte de la ecología microbiana y al mismo tiempo de la biotecnología utilizada en la producción.
La microbiología es una de las ramas de la biología que se encarga de estudiar los microorganismos. Éstos son considerados como seres vivos unicelulares de tamaño microscópico que pueden ser eucariotas (con núcleo) como protistas y hongos, o procariotas (sin núcleo definido) como las bacterias. Tradicionalmente, los microbiólogos se dedican al análisis de los microorganismos patógenos como hongos, bacterias o virus, mientras el resto son estudiados por los biólogos.
La microbiología alimentaria se centra básicamente en la influencia de los microorganismos como productores, agentes patógenos o de deterioro en la producción de alimentos. En primer lugar, los procesos de fabricación de los alimentos en los que se involucran microorganismos se refieren a la fermentación, en especial a la fermentación de la leche por bacterias. Estos alimentos fermentados abarcan también carne, vegetales fermentados, pan y bebidas alcohólicas.
Como agentes de deterioro, los microorganismos afectan el alimento hasta volverlo no apto para el consumo humano. Esto acarrea graves consecuencias para la calidad alimentaria, la salud de los consumidores y a la vez conlleva pérdidas económicas, especialmente en las frutas y verduras. Los microorganismos causantes pueden ser moho, bacterias y levaduras, que se multiplican rápidamente debido a la combinación de factores externos e internos del alimento.
Los microbiólogos con formación especializada en microbiología de alimentos se enfocan generalmente en la acción de los microorganismos como agentes patógenos en los alimentos. Estos organismos suelen ser transmisibles al cuerpo humano y provocar afecciones de carácter gastrointestinal (infecciones o intoxicaciones) que pueden extenderse a varios órganos. Los productos alimenticios pueden prestarse a llevar consigo brotes epidémicos provenientes de virus, bacterias y protozoos.