El primer curso del máster está programado para adaptar los curricula de los alumnos matriculados en función de los estudios de procedencia. Cada titulación tiene itinerarios específicos, así como son específicos según la línea a seguir dentro del máster (académica,
investigación y profesional). El segundo año del máster está configurado en líneas dedicadas a la imagen médica, a la radiofísica o a una Física Médica avanzada mediante modelado y simulación de sistemas biológicos de alta complejidad que conducen a un trabajo inicial de investigación, y consecuentemente después a la realización de la tesis doctoral. Se acompañan las asignaturas básicas con un número de asignaturas optativas en cada semestre para complementar los conocimientos de los alumnos. Los contenidos del primer año son de dos tipos: básicos (según el grado de acceso al máster) y unas pocas asignaturas complementarias optativas para una primera toma de contacto con la Física Médica. El segundo curso está compuesto de un módulo común, con un reducido número de asignaturas que dan lugar al nombre del máster más un número de asignaturas complementarias, siempre en relación a la titulación de acceso al máster, así como con las asignaturas optativas que complementarán la formación del alumnado.