Más allá de las discusiones acerca de usar o no un pop-up, hay un problema que los corrompe sistemáticamente, que los hace perversos, que agrede a usuarios avanzados y principiantes en su navegación, confunde a los buscadores, y genera ruido en el código.
Este problema es que, existiendo varias formas de lanzar un pop-up con código Javascript, las más usadas son las incorrectas.
Fuente: www.nosolousabilidad.com