BIOINFORMÁTICA

1. INTRODUCCIÓN
1.1 A quién va destinado este libro
1.2 Estructura de este libro
1.3 Leyendas

2. FUNDAMENTOS BIOLÓGICOS
2.1 Fisiología celular
2.2 Morfología del cromosoma
2.3 Ácidos nucleicos
2.3.1 ADN
2.3.2 ARN
2.3.3 Código genético
2.4 Dogma central de la Biología Molecular
2.5 Regulación génica

3. FORMATOS DE FICHEROS
3.1 Datos en bruto
3.2 FASTA
3.3 FASTAQ
3.4 SAM/BAM
3.5 GFF/GFF3
3.6 GVF
3.7 VCF
3.8 BED

4. BASES DE DATOS GENÓMICAS
4.1 ¿Qué es una base de datos genómica?
4.2 Clasificación de las bases de datos genómicas
4.3 Características de la información genómica
4.4 Construcción de una base de datos genómica
4.5 Modelado de información genómica
4.6 Integración de bases de datos biológicas

5. PRÁCTICA 1: DISEÑO DE BASES DE DATOS BIOLÓGICAS
5.1 Diseño relacional
5.2 Diseño XML

6. PRINCIPALES BASES DE DATOS GENÓMICAS
6.1 GenBank
6.1.1 Formato del registro
6.1.2 Cabecera
6.1.3 Sección de características
6.1.4 Sección ORIGIN
6.2 Refseq
6.3 UniProt
6.4 PDB
6.4.1 Formato del registro
6.4.2 Tipos de registros
6.4.3 Estructura del fichero
6.5 Otras bases de datos genómicas
6.5.1 Bases de datos de secuencias de ADN
6.5.2 Bases de datos de secuencias de ARN
6.5.3 Bases de datos de secuencias de proteínas
6.5.4 Bases de datos de patrones y perfiles
6.5.5 Bases de datos clínico-genéticas
6.5.6 Bases de datos de mutaciones y SNP
6.5.7 Bases de datos de genómica funcional

7. PRÁCTICA 2: BÚSQUEDA DE SECUENCIAS
7.1 Secuencias de organismos procariotas
7.2 Secuencias de organismos eucariotas
7.3 Búsqueda de variaciones
7.4 Ejemplo de estudio de una proteína

8. ANÁLISIS DE SECUENCIAS
8.1 Detección de ORF
8.2 Análisis de calidad
8.3 Alineamiento
8.3.1 Gráficos de puntos
8.3.2 Alineamiento de pares
8.3.3 Alineamiento múltiple
8.3.4 Puntuación del alineamiento
8.4 Identificación de variaciones
8.5 Anotación
8.6 Visualización
8.7 Pipelines analíticos y sistemas de flujo de trabajo

9. PRÁCTICA 3: ANÁLISIS DE SECUENCIAS
9.1 Análisis de la calidad con VecScreen
9.2 Análisis de la composición del ADN
9.2.1 Búsqueda de palabras
9.2.2 Estadísticas de la secuencia con Genomatix
9.2.3 Búsqueda de repeticiones
9.2.4 Búsqueda de ORF
9.3 Alineamiento de secuencias con BLASTN
9.4 Edición de alineamientos
9.4.1 Creación de grupos
9.4.2 Reordenación del alineamiento
9.4.3 Adición y borrado de huecos
9.5 Búsqueda de secuencias homólogas con SIB-BLAST
9.6 Alineamiento múltiple
9.6.1 Alineamiento múltiple con Clustal Omega
9.6.2 Alineamiento múltiple con MUSCLE
9.6.3 Alineamiento múltiple con T-Coffee

10. PROTEÓMICA
10.1 Generalidades
10.2 Estructura de las proteínas
10.3 Métodos de predicción
10.4 Modelado por homología
10.5 Reconocimiento de pliegues

11. PRÁCTICA 4: ANÁLISIS DE PROTEÍNAS
11.1 Análisis BLAST
11.2 Búsqueda de dominios funcionales
11.2.1 Búsqueda de dominios con EBI-Interpro
11.2.2 Búsqueda de dominios con PFAM
11.3 Predicción de la ubicación subcelular
11.4 Búsqueda de estructuras de referencia
11.5 Búsqueda de motivos
11.6 Análisis de la estructura primaria de una proteína
11.6.1 Traducción del ADN en secuencia proteica
11.6.2 Predicción de las propiedades físico-químicas
11.7 Predicción de la estructura secundaria
11.8 Predicción de la estructura terciaria
11.9 Predicción de genes con GENSCAN