Bueno...
Dependiendo de que tipo de sitio este realizando es el software que vas a utilizar, y por supuesto como mas te acomodes, dentro de los mas profesional es Dreamweaver (para ordenar, pegar y programar el comportamiento de cada elemento), de ahi viene Flash (botones, movie clips, sprites...) Fireworks (retoque y optimizacion de imagenes) hay quienes parten desde Photoshop pero no es lo usual, si hablamos de paginas dinamicas se conjunta con editores como Zend, NOtepad++, Tulip, Netbeans o hasta el mismo Block de notas y por supueso conocer lenguajes (php, javascript, Ajax, Visual Net, html 5...), tambien puedes manejar plantillas en Css (con dreamweaver por supuesto), vale la pena mantenerte ...
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