Javascript es un lenguaje de "scripting" (guiones o rutinas) y no se puede hacer un programa con javascript sino solo trabajar con páginas web. Javascript no se instala, pues puedes crear un script de javascript con el bloc de notas si lo deseas o con cualquier editor web. En cambio java si es un lenguaje de programacion y con el se crean aplicaciones entre las cuales son populares las llamadas "applets" que son aplicaciones que se ejecutan en el navegador del usuario y que requieren que descargues los plug in y posteriormente los instales para que puedan ser vistas en tu pc http://new.taringa.net/posts/downloads/1966082/Java-indispensable-para-tu-navegador.html Espero haberte ... ver debate
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