Extracción, amplificación, secuenciación y caracterización de ácidos nucleicos, proteínas y otros metabolitos (UF2078) (I17877P15-01)

UNIDAD FORMATIVA 1. EXTRACCIÓN, AMPLIFICACIÓN, SECUENCIACIÓN Y CARACTERIZACIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOS, PROTEÍNAS Y OTROS METABOLITOS APLICANDO TÉCNICAS DE BIOLOGÍA MOLECULARUNIDAD DIDÁCTICA 1. APLICAR TÉCNICAS GENERALES DE BIOLOGÍA MOLECULAR EN ANÁLISIS BIOTECNOLÓGICO.

1. Electroforesis: fundamentos, tipos mono y bidimensional:
2. - Preparación de geles.
3. - Revelado de bandas de cadenas.
4. - Clasificación y almacenamiento de los residuos electroforéticos.
5. - Procesado y registro de imágenes.
6. Análisis de imágenes de geles.
7. Espectroscopia de visible, UV, IR.
8. Espectroscopia de fluorescencia molecular.
9. Espectrofotometría de masas.
10. Cromatografía -columna flash, TLC y HPLC-.
11. - Tipos de rellenos de columnas cromatográficas -resinas de absorción y adsorción, gel de sílice fase normal y fase reversa, intercambio iónico, cribado molecular.
12. Conceptos básicos de resonancia magnética nuclear.
13. Tecnología de alto rendimiento-high throughput- en genómica, proteómica y metabolómica.

UNIDAD DIDÁCTICA 2. CONCEPTOS GENERALES DE ÁCIDO NUCLEICO.

1. Bases nitrogenadas.
2. Estructura y función de ADN y ARN.
3. Replicación.
4. Desnaturalización ADN.
5. Conceptos de gen, operones, promotores y secuencias consenso.
6. Genomas y cromosomas.

UNIDAD DIDÁCTICA 3. APLICAR LAS SECUENCIAS MARCADAS EN LOS PROCEDIMIENTOS ESTABLECIDOS PARA AISLAR ÁCIDOS NUCLEICOS, PROTEÍNAS Y OTROS METABOLITOS.

1. Extracción, purificación y análisis espectroscópico y/o electroforético de ADN y ARN.
2. Amplificación por PCR.
3. Programación del termociclador con temperaturas, tiempos y ciclos preestablecidos.
4. Concepto de PCR a tiempo real.
5. Determinación de tamaño y mapas de restricción.
6. Visualización de geles.

UNIDAD DIDÁCTICA 4. UTILIZACIÓN DE TÉCNICAS GENÓMICAS APLICABLES EN ANÁLISIS BIOTECNOLÓGICO.

1. Análisis de genomas:
2. - Secuencias automáticas y construcción de contigs: phred-phrap-consed.
3. - Anotación de genomas: métodos y estrategias. Anotación automatizada vs anotación manual.
4. - Recursos online: ENSEMBL, NCBI, UCSC, TIGR.
5. Taxonomía microbiana molecular por secuenciación parcial de genes ribosomales.
6. Análisis de secuencias.
7. Elaboración de dendogramas y filogenias.
8. Clonación: concepto, vectores y enzimas de restricción, ligación y expresión.
9. Hibridaciones Northern -ARN- y Southern -ADN-.
10. Hibridación in situ.
11. Huella genética «DNA Fingerprinting»:
12. - Concepto y aplicaciones.
13. Cluster de genes de biosíntesis de metabolitos secundarios:
14. - Nociones y aplicación.
15. Tecnología de Microarrays y Chips de ADN y ARN:
16. - Concepto y aplicaciones.

UNIDAD DIDÁCTICA 5. CONCEPTOS GENERALES DE PROTEÍNAS.

1. Definición.
2. Aminoácidos.
3. Estructura, conformación y función de proteínas.
4. Clasificación de proteínas en base a secuencia. Bases de datos: Pfam, PROSITE, ProDom, SMART, InterPro, COGs.
5. Predicción de estructura secundaria.
6. Alineamientos estructurales.
7. Clasificación estructural: bases de datos: SCOP, CATH, FSSP.
8. Predicción de estructura terciaria. Modelado.
9. Transcripción y traducción.

UNIDAD DIDÁCTICA 6. UTILIZACIÓN DE TÉCNICAS PROTEÓMICA APLICABLES EN ANÁLISIS BIOTECNOLÓGICO.

1. Extracción de proteínas desde biomasa microbiana o celular:
2. - Técnicas y seguimiento.
3. Purificación y análisis por espectroscopia de masas y electroforesis bidimensional tipo SDS-PAGE.
4. Detección de proteínas por «Western blot», ELISA, técnicas inmunohistoquímicas.
5. Proteínas recombinantes: Tecnología y aplicación.
6. Nociones sobre tipos de dianas proteicas más relevantes empleados en cribado-screening.

UNIDAD DIDÁCTICA 7. APLICAR NORMAS DE SEGURIDAD Y DE PROTECCIÓN AMBIENTAL.

1. Buenas prácticas de procesos y de laboratorio.
2. Procedimientos escritos normalizados sobre seguridad.
3. Manuales de uso de los equipos.
4. Equipos de protección individual.
5. Manual de uso de los equipos de prevención y respuesta a la emergencia.
6. Legislación y normativa sobre biotecnología.
7. Documentación necesaria para la utilización de los productos y/o servicios biotecnológicos resultantes.