Eso pasa debido a que no se respetan los estandares y de como interpretan las etiquetas, sobre todo del lado de IE. Una de las cosas que puedes hacer es condicionar a que si es interpretado por IE elija el código que funciona para IE y si no que elija el código que funciona para firefox (y la mayoría de los navegadores).
Otra opción es buscarle de tal forma que sea interpretado de la misma forma tanto en IE como en Firefox.
Pasate por http://browsershots.org/ y ahí puedes obtener capturas de como se ve tu página en distintos navegadores y Sistemas Operativos, sin tener que instalarlos.
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