Biotecnología

Cooperatividad, alosterismo: equilibrios múltiples en Bioquímica
Profesor: Antonio Parody Morreale
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.
Se abordará el estudio de las distintos métodos de estudio de la interacción proteína-proteína y proteína (enzima)- ligando, los métodos y modelos matemáticos que rigen dichas interacciones y su abordaje químico-físico para el estudio de las mismas.
1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre análisis de la termodinámica 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Desarrollar una actividad aprender a atender a la diversidad cultural e individual que caracteriza la práctica de investigación y profesional 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

Programa :
· Conceptos básicos y obtención de datos experimentales.
· Análisis de las isotermas de unión.
· Cooperatividad.
· Interacción de varios ligandos. Formulación termodinámica rigurosa.
· Fenómenos polistéricos y polifásicos.
· Interacción proteína - ácido nucleíco.
· Cinética de las interacciones biomoleculares.

Bibliografía:
QUANTITATIVE CHARACTERIZATION OF LIGAND BINDING, Winzor y Sawyer, 1995, Wiley
LIGAND-RECEPTOR ENERGETICS, Klotz, 1997, Wiley
BINDING AND LINKAGE, Wyman y Gill, 1990, University Science Books
THERMODYNAMIC THEORY OF SITE-SPECIFIC BINDING PROCESSES IN BIOLOGICAL MACROMOLECULES, Di Cera, 1996, Cambridge University Press
KINETICS FOR THE LIFE SCIENCES: RECEPTORS, TRANSMITTERS AND CATALYSTS, Guttfreund,

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Aplicaciones de la microcalorimetría al estudio de la estabilidad e interacciones en proteínas
Profesores: Pedro L. Mateo Alarcón y Obdulio López Mayorga.
Tipo: metodológico, con 3 créditos, optativo.
1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre análisis de las interacciones proteína -proteína
2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema. 12. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación.

· Repaso de conceptos termodinámicos y termodinámico-estadísticos.
· II. Interacción macromolécula-ligando. Clases de sitios. Cooperatividad. Polinomio de unión.
· III. Termodinámica de las fuerzas inter- e intramoleculares no covalentes. Disección de los datos calorimétricas en función de dichas contribuciones.
· IV. Fundamentos e instrumentación en ITC. Parámetros y análisis de datos en ITC.
· V. Fundamentos, instrumentación y análisis de datos en DSC. Modelo de dos estados. Termodinámica y estabilidad de proteínas.
Bibliografía
ITC in the post-genomic era. . .? Priceless. Adrián Velázquez Campoya, Ernesto Freirea. Biophysical Chemistry 115 (2005) 115- 124

• Isothermal titration calorimetry: controlling binding forces in lead optimization Ernesto Freire Drug Discovery Today: Technologies. 2004 Elsevier
• Stabilization of Proteins by Ligand Binding: Application to Drug Screening and Determination of Unfolding Energetics. Travis T. Waldron and Kenneth P. Murphy Biochemistry 2003, 42, 5058-5064
• Heat Capacity Effects of Water Molecules and Ions at a Protein-DNA Interface. Simon Bergqvist, Mark A. Williams, Ronan O'Brien and John E. Ladbury. J. Mol. Biol. (2004) 336, 829-842

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés




Bioinformática
Profesor, Dr. José L. Oliver Jiménez
El curso es del tipo: fundamental, con 3 créditos, y optativo.

1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre análisis de la bioinformática.
2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

Contenido:

1. Genómica. Secuenciación y anotación de genomas. Genómica comparada.
2. Biocomputación, biología computacional o bioinformática. Bases de datos de secuencias de DNA y proteínas.
3. Recuperación y edición de secuencias. Editores de secuencias.
4. Software para el análisis de secuencias.
5. Comparación de secuencias de ADN y proteínas.
6. Filogenia molecular. Arboles filogenéticos.

Bibliografía básica:

• Attwood, T.K. & D.J. Parry-Smith. 1999. Introduction to Bioinformatics. Addison Wesley Longman Limited, Edimburgo.
• Baxevanis, A.D. & B.F. Francis Oullette (Eds.). 2002. Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins. 2nd Ed. Wiley-Interscience, New York.
• Bishop, M. 1999. Bioinformatics. Taylor & Francis, UK.
• Gibas, C. y P. Jambeck. 2001. Developing Bioinformatics Computer Skills. O'Reilly
• Higgins, D. y W. Taylor. 2000. Bioinformatics: Sequence, structure and databanks. Oxford University Press.
• Kanehisa, M. 2000. Post-genome informatics. Oxford University Press
• Rashidi, H.H. and L.K. Buehler. 2000. Bioinformatics Basics. Applications in Biological Science and Medicine. CRC Press, Boca Raton.
• Salzberg, S., D. Searls, and S. Kasif (Eds). 1998. Computational Methods in Molecular Biology. Elsevier Science.
• Strachan, T. The Human Genome. 1992. Bios S.P.
• Swindell, S.R., R.R. Miller y G.S.A. Myers. 1997. Internet for the Molecular Biologist. Horizon Scientific Press, Norfolk, UK.
• Tisdall, J. 2001. Beginning Perl for Bioinformatics. O'Reilly

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Modelización Molecular
Profesor: José A. Dobado
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.
Curso dirigido al estudio y manejo de estructuras proteicas, enzimas, estudio de centros activos y su utilización en el diseño de inhibidores específicos como fármacos. Estudios de cargas y su distribución, estudio de agregaciones mediante el manejo y uso de software en estaciones de trabajo de alta resolución.
1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre modelización Molecular
2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.12. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema. 13 Concienciar de la importancia científico técnica de esta metodología en la interpretación de la interacción macromolécula ligando

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

1. El curso se inicia con una introducción a las principales técnicas actuales de diseño y estudio estructuras moleculares, así como de sus propiedades electrónicas y reactividad química, mediante la utilización de programas informáticos. Se tratan los aspectos mas relevantes de dichos métodos de cálculo y su clasificación, por un lado, en mecano-cuánticos: (a b initio , semiempíricos, teoría de funciones de la densidad (DFT) y los basados en mecánica clásica: como son los métodos de mecánica molecular (MM).
2. Seguidamente, se describen otras herramientas comunes en el área del diseño molecular como: QSAR, análisis conformacional, obtención de diferentes propiedades electrónicas moleculares (orbitales moleculares, cargas, mapa de potenciales electrostáticos y densidades electrónicas, propiedades espectroscópicas (IR, RMN), así como manejo de bases de datos estructurales.
3. Por último, se dedica una parte del curso a aspectos prácticos de manejo de programas informáticos de modelización molecular, El alumno aprenderá a manejar los diferentes módulos en los que consta todo programa genérico de modelización molecular, utilizando dichas herramientas a la resolución de ejemplos prácticos sencillos.

Bibliografia:
Hehre, W.J.; Radon, L.; Schleyer, P.v.R.; Pople, J.A. Ab initio Molecular Orbital Theory/. Wiley & Sons, 1986
Leach, L.R. Molecular Modelling. Principles and Applications/. Longman, *1996*
Jensen, F. Introdution to Computational Chemistry/. Wiley & Sons, *1999*

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Determinación de la estructura de proteínas mediante resonancia magnética nuclear
Profesores: Obdulio López Mayorga y Nico van Nuland.
Se trata de un curso de tipo: metodológico, con 3 créditos, optativo.
Este curso va dirigido a la resolución de estructuras biológicas complejas ácidos nucleicos, proteínas y azúcares complejos, mediante el uso de los equipos de Resonancia Magnética Nuclear existentes en el centro de Instrumentación Científica de la UGr 300 MHtz, 400 MHtz y 500 MHtz. El curso va dirigido al aprendizaje e interpretación de los espectros obtenidos y al traslado de dichas estructuras a programas de ordenador para la interpretación tridimensional de dichas estructuras.
1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre análisis mediante resonancia magnética nuclear de las macromoléculas 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema. 12. Desarrollar una actividad aprender a atender a la diversidad que caracteriza la práctica de investigación y profesional 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

Parte 1. Fundamentos de RMN de pulsos.
- Descripciones vectorial y mecano-cuántica de la RMN.
- Experimatación e instrumentación en la RMN de pulsos.
- El desplazamiento químico.
- Acoplamiento escalar.
- El efecto NOE.
- Espectros monodimensionales, bidimensionales y multidimensionales.
- RMN de aminoácidos y nucleótidos.
- RMN 2D de aminoácidos y proteínas.
- Procesamiento de datos en RMN

Parte 2. Aplicaciones de la RMN al estudio biopolímeros.
· Estrategias de asignación mediante 1H-RMN.
· Estrategias de asignación de proteínas grandes. RMN heteronuclear multidimensional
· Métodos de determinación de estructuras de proteínas.
· Ácidos nucleicos y polisacáridos.
· Dinámica estructural y estabilidad. Relajación. Intercambio hidrógeno-deuterio
· Plegamiento de proteínas. Etiquetado por pulsos de intercambio H/D.
· Equilibrios en biopolímeros. Intercambio químico. Equilibrios de ionización
· Interacciones proteína-ligando

BIBLIOGRAFÍA RECOMENDADA

• "Modern NMR Techniques for Chemistry Research". Derome, A.E. Pergamon Press, Oxford (1987)
• "NMR of macromolecules : a practical approach" Roberts, Gordon C. K. col., IRL Press, Oxford (1995)
• "NMR of proteins" G. M. Clore, A. M. Gronenborn, Macmillan Press (1993)
• "NMR of proteins and nucleic acids" Kurt Wüthrich, John Wiley and Sons, New York , (1986)
• "Biomolecular NMR spectroscopy" Jeremy N.S. Evans, Oxford University Press (1995)

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Biotransformación de moléculas de difícil degradación
Impartido por los Profesores: José Martínez López (responsable) y Teresa de la Rubia Nieto
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.
El curso pretende dar una visón dentro de lo que se denomina biorremediación y va encaminado al estudio de la eliminación biológica de residuos polifenoles, hidrocarburos y sus derivados etc. de origen industrial y de industrias de transformación.
1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre los fundamentos de la degradación de contaminantes y compuestos de difícil degradación, hidrocarburos, contaminantes industriales y urbanos etc.
2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema. 12. Desarrollar una actividad aprender a atender a la diversidad que caracteriza el abordaje de la biodegradación 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

1. Moléculas recalcitrantes de origen natural y artificial: polímeros vegetales, residuos agroindustriales hidrocarburos del petróleo, colorantes industriales
2. Degradación microbiana de lignina: enzimas y mecanismos moleculares.
3. Aplicaciones industriales de los hongos ligninolíticos y sus enzimas: industria papelera, residuos del aceite de oliva, y tintes textiles

BIBLIOGRAFÍA
Atlas, R. M., Cohen, Geral, Hershberger, C.L., Hu, W.-H, Sherman , D.H. Willson, R.C. Wu, JHD. 1999. Manual of Industrial Microbiology and Biotechnology. ASM Press
Dua, M.; Singh, A.; Sethunathan, N.; Johri, A. K. Biotechnology and bioremediation: successes and limitations. Applied Microbiology and Biotechnology (2002), 59: 143-152.
Gianfreda, Liliana; Rao, Maria A. Potential of extra cellular enzymes in remediation of polluted soils: a review. Enzyme and Microbial Technology (2004), 35: 339-354.
Gadd, G.M. 2001. Fungi in Bioremediation. Cambridge Univeristy Press. Hofrichter, Martin. Review: lignin conversion by manganese peroxidase (MnP). Enzyme and Microbial Technology (2002), 30: 454-466.
Leonowicz A; Matuszewska A; Luterek J; Ziegenhagen D; Wojtas-Wasilewska M; Cho N S; Hofrichter M; Rogalski J Biodegradation of lignin by white rot fungi. Fungal genetics and biology : FG & B (1999), 27: 175-85.
Nuske, J.; Scheibner, K.; Dornberger, U.; Ullrich, R.; Hofrichter, M.. Large scale production of manganese-peroxidase using agaric white-rot fungi. Enzyme and Microbial Technology (2002), 30: 556-561.
Pointing, S. B.. Feasibility of bioremediation by white-rot fungi. Applied Microbiology and Biotechnology (2001), 57: 20-33.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Biotransformación de residuos vegetales: aplicaciones
Profesora, Juana Pérez Torres
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.
DESCRIPCIÓN DEL CURSO El curso trata sobre la degradación por diferentes tipos de microorganismos de los principales componentes de los residuos vegetales: la celulosa, hemicelulosa y lignina. Se describe en primer lugar su composición química y su distribución para que el alumno comprenda mejor los procesos enzimáticos que los microorganismos, tanto hongos como bacterias, han desarrollado para degradarlos. Nos ocupamos a continuación de los enzimas implicados en estos procesos repasando el mecanismo de acción de las diferentes proteínas implicadas, su regulación y la relación estructura-función. Se estudian los últimos avances en biotecnología de dichos enzimas o de los microorganismos. Se repasan las principales aplicaciones de estos procesos de biotransformación tales como:
· la obtención de combustibles alternativos o fertilizantes naturales a partir de residuos lignocelulósicos
· el uso de tecnologías limpias en la industrial papelera, textil y en el reciclado del papel que permite no sólo el ahorro de energía sino que evita el uso de blanqueantes químicos y genera aguas residuales menos contaminantes
· la aplicación de microorganismos ligninolíticos o de sus enzimas en el tratamiento de aguas residuales que contengan residuos vegetales u otros compuestos recalcitrantes
Por último se da una visión de futuro de las posibles aplicaciones tanto de los enzimas como de los microorganismos implicados, que varían desde la obtención de compuestos químicos hasta construcción de biosensores.
Más información en: http://www.ugr.es/~jptorres/docencia.htm
BIBLIOGRAFÍA

• - Bajpai P . (2004). Biological bleaching of chemical pulps. Crit Rev Biotechnol. 24:1-58.
• -Baldrian, P. (2006) Fungal laccases-occurrence and properties. FEMS Microbiol Rev . 30:215-242.
• -Desvaux, M.(2006). Unravelling carbon metabolism in anaerobic cellulolytic bacteria. Biotechnol Prog ., 22:1229-1238.
• - Gadd,G.M. (Eds). (2001). Fungi in Biorremediation. Cambridge University Press. Londres.
• -Gray, K.A., Zhao, L. and Emptage, M. (2006). Bioethanol. Curr Opin Chem Biol ., 10:141-146.
• -Hahn-Hagerdal, B., Galbe, M., Gorwa-Grauslund, M.F., Liden, G. and Zacchi, G. (2006). Bio-ethanol, the fuel of tomorrow from the residues of today. Trends Biotechnol ., 24:549-556.
• -Hammerschlag, R. (2006). Ethanol's energy return on investment: a survey of the literature 1990-present. Environ Sci Technol ., 40:1744-1750.
• -Kersten, P and Cullen, D (2007). Extracellular oxidative systems of the lignin-degrading Basidiomycete Phanerochaete chrysosporium Fungal Genet Biol . 44: 77-87.
• - Kirby R. (2006). Actinomycetes and lignin degradation. Adv Appl Microbiol. 58:125-168.
• - Lin Y ., Tanaka, S. (2006). Ethanol fermentation from biomass resources: current state and prospects. Appl Microbiol Biotechnol. 69:627-642.
• - Lynd, L.R ., van Zyl, W.H ., McBride, J.E ., Laser, M . (2005). Consolidated bioprocessing of cellulosic biomass: an update. Curr Opin Biotechnol. 16:577-583.
• - Martínez, A.T., Speranza, M., Ruiz-Dueñas, F.J., Ferreira, P., Camarero, S., Guillen, F., Martínez , M.J., Gutierrez, A., del Río, J.C. (2005). Biodegradation of lignocellulosics: microbial, chemical, and enzymatic aspects of the fungal attack of lignin . Int Microbiol. 8:195-204.
• -Masai, E., Katayama, Y. and Fukuda, M. (2007). Genetic and biochemical investigations on bacterial catabolic pathways for lignin-derived aromatic compounds. Biosci Biotechnol Biochem, 71:1-15.
• - Pérez, J., Muñoz-Dorado, J, de la Rubia, T., Martínez, J. (2002). Biodegradation and biological treatments of cellulose, hemicellulose and lignin: an overview. Int Microbiol . 5:53-63.
• - Riva S . (2006). Laccases: blue enzymes for green chemistry. Trends Biotechnol. 24:219-226.
• - Subramaniyan, S ., Prema, P . (2002). Biotechnology of microbial xylanases: enzymology, molecular biology, and application. Crit Rev Biotechnol. 22:33-64.
• - Sun, Y., Cheng, J. (2002). Hydrolysis of lignocellulosic materials for ethanol production: a review. Bioresour Technol. 83:1-11.
• -van Hellemond, E., Leferink, N.G., Heuts D.P.H.M., Fraaije, M.W.L. and van Berkel, W.J.H. (2006). Occurrence and biocatalytic potential of carbohydrate oxidases. Adv Appl Microbiol . 60 : 1754-1761.
• -van Maris, A.J., Abbott, D.A., Bellissimi, E., van den Brink, J., Kuyper ,M., Luttik, M.A., Wisselink, H.W., Scheffers, W.A., van Dijken, J.P and Pronk, J.T. (2006). Alcoholic fermentation of carbon sources in biomass hydrolysates by Saccharomyces cerevisiae : current status. Antonie Van Leeuwenhoek , 90:391-418.
• -Wesenberg, D. , Kyriakides, I. , Agathos, S.N . (2003). White-rot fungi and their enzymes for the treatment of industrial dye effluents. Biotechnol Adv. 22:161-187.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Soluciones microbianas a la contaminación ambiental
Profesor: Antonio L. Extremera León
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.

1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre el uso de microorganismos en la eliminación de residuos. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema. 12. Desarrollar una actividad aprender a atender a la diversidad cultural e individual que caracteriza la práctica de investigación y profesional 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

1. Actividades naturales de los microorganismos.
2. Los microorganismos en la purificación de las aguas.
3. Diseño genético de microorganismos con fines medioambientales.
4. Riesgos biológicos de la liberación de organismos genéticamente manipulados.
5. Reducción de la contaminación por metales pesados.
6. Biodegradación de compuestos xenobióticos.
7. Biorreparación de aguas y suelos contaminados.
8. Perspectivas futuras.

Bibliografía básica

a.. Environmental biotechnology, 2nd. ed. A. Scragg. Oxford Univ. Press, Oxford, UK. 2005.
b.. Biotecnología Ambiental. F. Castillo (coord.). Ed. Tébar, Madrid, España. 2005.
c.. Biodegradation and bioremediation, 2nd. ed. M. Alexander. Academic Press, USA. 1999.
d.. Current Opinion in Biotechnology. El volumen de junio de cada año está dedicado a la Biotecnología ambiental.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés


Tecnología del cultivo de microalgas
Profesora María Eugenia Martínez Sancho
Tipo: metodológico, 3 créditos, optativo.

1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre el cultivo en masa de microalgas y los beneficios de la fermentación de las mismas. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema. 12. Desarrollar una actividad la práctica de investigación y profesional en el desarrollo de estas tecnologías. 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

• Introducción. Características y composición de las microalgas. Clasificación. Evolución de la algología aplicada. Especies de interés industrial. Especies emergentes.
• Fuentes de energía y carbono celular. Tipos de crecimiento: Autotrófico, Mixotrófico, Fotoheterotrófico, Heterotrófico, Auxotrófico. Requerimientos de nutrientes: Macronutrientes y micronutrientes. Factores de crecimiento. Medios de cultivo: Naturales y sintéticos. Enriquecimientos.
• Principios del cultivo de microalgas. Métodos de medida del crecimiento. Modelos cinéticos. Respuesta a los factores ambientales: Luz, temperatura, pH, salinidad. Stress hidrodinámico. Investigación cinética. Métodos de interpretación. Utilización de Matlab.
• Tipos de cultivo: Discontinuo, semicontinuo, continuo. Atenuación de la luz. Grado de mezcla. Productividad. Reactores horizontales y verticales: Estanques, reactores tubulares y reactores air-lift. Ejemplos de diseño. Utilización de Matlab.
• Instalaciones industriales. Selección de medios. Materiales. Recubrimientos. Suministro de CO2. Dispositivos de mezcla. Instalaciones externas: Control de especies. Influencia de la climatología. Toxicidad del O2. Cosechado de células. Tratamientos post-cosecha.
• Aplicaciones de los cultivos industriales. Acuicultura. Biorremediación. Obtención de productos químicos. Nuevas perspectivas.

Bibliografía básica

Libros:

• "Microalgas: Cultivo y Aplicaciones" J.Abalde, A.Cid, J.P. Fidalgo, E.Torres, C. Herrero. Servicio de publicaciones de la universidad de Coruña (1995)
• "Photosynthetic Microorganisms in Environmental Biotechnology" K. Hiroyuki, L.Yuan Kun. Springer (2001)
• "Spirulina platensis: Physiology Cell-biology and Biotechnology" A.Vonsak (ed) (1997)
• "Handbook of Microalgal Cultures" A.Richmond (ed). Blackwell P. (2003)
• "Algal Culturing Techniques" R.A.Andersen. (ed) Elsevier Academic Press (2005)

Artículos:

• O.Pulz. (2001) Photobioreactors: production systems for phototropic microorganisms" App.Microbiol.and Biotechnol.57 (3) 287-293.
• Hu-Ping L., Muthanna H.A. (2004). Analizing and modelling of photobioreactors by combining first principles of physiology and hydrodinamics. Biotechnol. and Bioeng. 85 (4), 382-393.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés


Biodiversidad de las bacterias lácticas presentes en alimentos fermentados. Estudio de cepas productoras de bacteriocinas
Créditos: 3
Profesores: Eva Valdivia Martínez (1,5 C) Manuel Martínez Bueno (1,5 C). Profesora responsable: Eva Valdivia Martínez
Carácter de l curso: teórico (aprox. 0,4 C) y práctico (aprox. 2,6 C)
Objetivos y metodología:
En la parte teórica

1. Dar una visión general sobre la conservación de los alimentos
2. Profundizar en la bioconservación mediante las bacterias lácticas (BAL)
3. Tipos de BAL presentes en alimentos y técnicas de identificación
4. Definir, describir estructuralmente y clasificar los tipos de bacteriocinas de las BAL
5. Describir los usos, ventajas e inconvenientes de las bacteriocinas como bioconservantes alimentarios
6. Describir el proceso seguido en la investigación de una bacteriocina paradigma, la enterocina AS-48.

En la parte práctica
El tipo de experimentación de este curso pretende adiestrar al alumno tanto en técnicas de aislamiento e identificación clásicas en Microbiología como en las mas innovadoras, de estudios de biodiversidad de tipo genético. También se pretende que aprendan a detectar la producción de sustancias antagonistas y a realizar una caracterización físico-química preliminar de las mismas.
Para ello se llevará a cabo:

1. Aislamiento bacterias lácticas a partir de queso, la identificación preliminar según la morfología colonial y las rasgos bioquímicos mas significativos de este grupo.
2. Identificación genética mediante RAPD y PCR de los principales grupos de bacteria slácticas presentes
3. Identificación y aislamiento de cepas productoras de bacteriocinas
4. Caracterización preliminar de las bacteriocinas en cuanto a su naturaleza proteica, resistencia al calor, pH, carácter básico etc
5. Identificación a nivel de género y especie de las cepas bacteriocinogénicas a
1. nivel fentípico, mediante sistemas miniaturizados de pruebas múltiples
2. nivel genético, mediante extracción del ADN total y amplificación del mismo por PCR, empleando como cebadores secuencias de ARNr 16 S características de los diferentes taxones de bacterias lácticas.

Bibliografía

• Abriouel, H. 2000. Estudios físico-químicos y biológicos de la bacteriocina AS-48. Tesis Doctoral. Universidad de Granada.
• Ananou, S. 2003. Estudio de la eficacia de la enterocina AS-48 en el control de bacterias patógenas transmitidas por alimentos. Tesis Doctoral. Universidad de Granada.
• Bernardeau M., Guguen M. and Vernoux J. P. 2006. Beneficial lactobacilli in food and feed: long-term use, biodiversity and proposals for specific and realistic safety assessments. FEMS Microbiol. Rev. 30: 487-513.
• Cleveland J., Montville T.J., Nes I.F. and Chikindas M.L. 2001. Bacteriocins: safe, natural antimicrobials for food preservation. Int. J. Food Microbiol. 71: 1-20.
• Cotter P.D., Hill C. and Ross R.P. 2005. Bacteriocins: Developing innate immunity for food. Nat. Rev. Microbiol. 3: 777-788.
• Delbe`s, C., Ali-Mandjee. L., and Montel, M.C.. 2007. Monitoring bacterial communities in raw milk and cheese by culture-cependent and -independent 16S rRNA gene-based analyses. Appl. Environ. Microbiol. 73: 1882-1891.
• Diep, D.B. and Nes, I.F. 2002. Ribosomally synthesized antibacterial peptides in gram positive bacteria. Curr. Drug Targets. 3: 107-22.
• Doyle, M.P., Beuchat, L.R. and Montville, T.J. (eds). 2001. Food Microbiology. Fundamentals and Frontiers. ASM Press, Washington DC.
• FEMS Microbiol. Rev. 2005. 29: 391-624. Lactic Acid Bacteria: Genetics Metabolism and Applications.
• Franz, C.M.A.P., J. van Belkum, M., Holzapfel, W.H., Abriouel, H., and Gálvez, A. 2007. Diversity of enterococcal bacteriocins and their grouping in a new classification scheme. FEMS Microbiol. Rev. 3: 293-310.
• Guinane C.M., P.D. Cotter, P.D., Hill ,C. and Ross R.P. 2005. Microbial solutions to microbial problems; lactococcal bacteriocins for the control of undesirable biota in food. J. Appl. Microbiol. 98: 1316-1325.
• Jack, R.W., Tagg, J.R. and Ray, B. 1995. Bacteriocin of Gram-positive bacteria. Microbiol. Rev. 59: 171-200.
• Klaenhammer, T.R., Barrangou, R., Buck, B.L., Azcarate-Peril, M.A., and Altermann, E. 2005. Genomic features of lactic acid bacteria affecting bioprocessing and health. FEMS Microbiol. Rev. 29: 393-340.
• Maqueda, M., Gálvez, A., Martínez Bueno, M., Sanchez-Barrena, M.J. González, C. Albert, A., Rico M. and Valdivia E. 2004. Peptide AS-48: prototype of a new class of cyclic bacteriocins. Current Protein & Peptide Science. 5: 399-416.
• McAuliffe, O., Ross, R.P. and Hill, C. 2001. Lantibiotics: structure, biosynthesis and mode of action. FEMS Microbiol. Rev. 25: 285-308.
• Muñoz Pérez del Pulgar, A. 2006. Optimización de la producción de la enterocina AS-48 y estudio de su eficacia como bioconservante en alimentos. Tesis Doctoral. Universidad de Granada.
• Nes I.F., Diep D.B. and Holo H. 2007. Bacteriocin Diversity in Streptococcus and Enterococcus. J. Bacteriol. 189: 1189-1198.
• O'Sullivan, L. Ross, R.P. and Hill, C. 2002. Potencial of bacteriocin-producing lactic acid bacteria for improvements in food safety and quality. Biochem. 84: 593- 604.
• Kalliopi, R., and Cocolin, L. 2006. New developments in the study of the microbiota of naturally fermented sausages as determined by molecular methods: A review. Int. J. Food Microbiol. 108: 255-267.
• Riley M.A. and Wertz J.E. 2002. Bacteriocin diversity: ecological and evolutionary perspectives. Biochimie. 84: 357-364.
• Ross, R.P., Morgan, S. and Hill, C. 2002. Preservation and fermentation: past, present and future. Int. J. Food Microbiol. 79: 3-16.
• Sánchez, I., Seseña, S., Poveda, J.M., Cabezas, L., Cabezasa, and Palop, Ll. 2005. Phenotypic and genotypic characterization of lactobacilli isolated from Spanish goat cheeses. Int. J. Food Microbiol. 102: 355-362.
• Stiles, M.E. 1996. Biopreservation by lactic acid bacteria. Ant. Van Leew. 70: 331-345.
• Stiles ME and Holzapfel W.H. 1997. Lactic acid bacteria of foods and their current taxonomy. Int. J. Food Microbiol. 36: 1-29.
• Thomas, L.V. and Delves-Broughton, J. 2001. New advance in the application of the food preservative nisin. Res. Adv. Food Sci. 2: 11-22.
• Thomas, L.V., Clarkson, M.R. and Delves-Broughton. J. 2000. Nisin. pp. 463- 524. In: Thomas, L.V., Clarkson, M.R. and Delves-Broughton. J. (eds). Natural food antimicrobial systems. CRC Press. A.S. Naidu, USA.
• Van Belkum, M.J. and Stiles, M.E. 2000. Nonlantibiotic antibacterial peptides from lactic acid bacteria. Nat. Prod. Rep. 17: 323-335.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés


Mecanismos moleculares de transducción de señales a través de la membrana en bacterias
Profesor: José Muñoz Dorado.
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.

1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre los mecanismos de transducción de señales en células
2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.12. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

• La transducción de señales. Hitos más significativos en la Historia del tema. Necesidad de las bacterias de detectar cambios ambientales y adaptarse a ellos, y de comunicarse entre sí.
• Los sistemas reguladores de dos componentes. Características generales de las histidina quinasas y de los reguladores de respuesta. Funcionamiento del sistema.
• Ejemplos de sistemas reguladores de dos componentes: Funcionamiento de las quimiotaxias en bacterias entéricas. Osmorregulación. Asimilación de nitrógeno y fosfato.
• Proteínas quinasas de tipo eucariótico. Características generales y procesos en los que funcionan.
• Comunicación intercelular. Comunicación intercelular durante el ciclo de desarrollo de Myxococcus xanthus .
• Mecanismo sensor de quorum en bacterias Gram-negativas mediado por lactonas de homoserina. Bioluminiscencia en Vibrio y otros procesos.
• Mecanismo sensor de quórum en bacterias Gram positivas: competencia en Bacillus .
• Comunicación intercelular para la conjugación en Enterococcus faecalis .
• Comunicación intercelular entre la preespora y la célula madre en Bacillus subtilis .
• Comunicación intercelular durante el ciclo de desarrollo en estreptomicetos.
• Comunicación intercelular en cianobacterias para la formación de heteroquistes.

Bibliografía

• Baker MD, Wolanin PM, Stock JB. (2006) Systems biology of bacterial chemotaxis. Curr Opin Microbiol. 9:187-92.
• Beier D, Gross R. (2006) Regulation of bacterial virulence by two-component systems. Curr Opin Microbiol.9:143-52.
• Brunner M, and Schafmeier T. (2006) Transcriptional and post-transcriptional regulation of the circadian clock of cyanobacteria and Neurospora. Genes Dev. 20:1061-74.
• Camilli A, Bassler BL. (2006) Bacterial small-molecule signaling pathways. Science. 311:1113-6.
• Hayward RD, Leong JM, Koronakis V, Campellone KG. (2006) Exploiting pathogenic Escherichia coli to model transmembrane receptor signalling. Nat Rev Microbiol. 4:358-70.
• Keller L, Surette MG. (2006) Communication in bacteria: an ecological and evolutionary perspective. Nat Rev Microbiol. 4:249-58.
• Romling U, Amikam D. (2006) Cyclic di-GMP as a second messenger. Curr Opin Microbiol. 9:218-28.
• Rowley G, Spector M, Kormanec J, and Roberts M. (2006) Pushing the envelope: extracytoplasmic stress responses in bacterial pathogens. Nat Rev Microbiol. 4:383-94.
• Venturi V. (2006) Regulation of quorum sensing in Pseudomonas. FEMS Microbiol Rev. 30:274-91.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés


Morfogénesis y diferenciación en bacterias
Profesor: José María Arias Peñalver
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.

1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre la diferenciación bacteriana y sus usos en biotecnología. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

1 Introducción
1.1 Unidad y diversidad de los procariotas
1.2 Morfogénesis, diferenciación y desarrollo
1.3 Mecanismos de regulación en bacterias
2 Morfogénesis de E.coli
2.1 Tamaño y forma
2.2 Crecimiento y división celular,
2.3 Tiempo de división celular
2.4 Interacciones entre la replicación del ADN y la división celular
2.5 Posición y nº de septos
2.6 Organización genética y regulación de la morfogénesis
3 Morfogénesis y diferenciación celular en bacterias con apéndices
3.1 Introducción
3.2 Prostecas y su papel
3.3 Ciclos de vida
3.4 Niveles de organización
3.5 Caulobacter
3.6 Rhodopseudomonas
3.7 Hyphomicrobium
3.8 Geodermatophilus
3.9 Control genético de la diferenciación
4 Modelos de desarrollo en cianobacterias: grupo "pleurocapsaleano"
4.1 Métodos de estudio
4.2 Estructura de la pered celular y su papel en el crecimiento y desarrollo
4.2.1 La envuelta fibrosa
4.2.2 Los beocitos
4.3 Modelos de desarrollo comparativos
5 Diferenciación en cianobacterias filamentosas
5.1 Cianobacterias implicadas en la diferenciación celular
5.2 Organización de la información genética
5.3 Heteroquistes
5.3.1 Estructura y función
5.3.2 Diferenciación celular
5.4 Acinetos
5.4.1 Estructura y metabolismo
5.4.2 Desarrollo y germinación
6 Estreptomicetos
6.1 Análisis del proceso de desarrollo: ciclo de vida
6.1.1 Germinación de la espora y crecimiento vegetativo
6.1.2 Formación de hifas aéreas
6.1.3 Desarrollo de las hifas aéreas en cadenas de esporas
6.2 Génetica de Streptomyces
6.2.1 Mutantes bld
6.2.2 Mutantes whi
6.3 Pruebas indirectas de control de la expresión génica durante el desarrollo
6.4 Antibióticos y diferenciación
7 Desarrollo intracelular de Bdellovibrio
7.1 Ataque de bdelovibrio a la célula
7.2 Unión y penetración
7.3 Iniciación del crecimiento
7.4 Elongación y división
7.5 Regulación de la degradación de macromoléculas
7.6 Lisis del bdeloplasto
7.7 Los bdeloquistes
8 Las mixobacterias
8.1 Movimiento deslizante
8.2 Comportamiento social
8.3 Comportamiento táctico
8.4 Morfogénesis celular
8.5 Inducción del desarrollo: ciclos de vida
8.5.1 Agregación
8.5.2 Formación de cuerpos fructificantes
8.6 Genética de Myxococcus
8.6.1 Complejidad del genomio
8.6.2 Fagos
9 Fisiología y diversidad de las endosporas bacterianas
9.1 Estructura de las esporas
9.2 Formación de endosporas
9.3 Relación entre estructura, composición y propiedades de las endosporas
9.4 Papel biológico de la endosporas
10 Biología molecular de la esporulación
10.1 Génetica de la esporulación
10.2 Iniciación de la esporulación
10.2.1 Represor de la esporulación
10.2.2 Inductores de la esporulación
10.3 Regulación de la expresión génica de la esporulación
10.3.1 Regulación transcripcional
10.3.2 Regulación translacional
11 Diferenciación celular en Rhizobium y Frankia
12 Ciclo de desarrollo en bacterias patógenas: clamidias y Coxiellla burnetti

Bibliografia

• Madigan, y cols. Brock "Biología de los microorganismos" Prentice-Hall. 2004. 10ª edición.
• Ingraham and Ingraham. Introducción a la microbiología. Reverté SA. 1998
• Ingraham and Ingraham. Introduction to microbiology. Wads worth Pu. Co. 2000, 2ª Ed.
• Davis et al. "Tratado de MIcrobiología". Masson. 1996
• Roitt "Inmunología. Fundamentos". Panamericana. 1998. 9ª Ed.
• Kuby "Immunology". Freeman and Co. 2000. 4ª Ed
• Atlas y Bartha. "Ecología Microbiana y Microbiología Ambiental".Addison Wesley. 2002, 4ª Ed
• Abbas, Lichtman y Pober. "Inmunología Celular y Molecular". McGraw Hill. Interamericana. 4ª edición. 2002.
• Marín, Sanz y Amils. "Biotecnologia y Medioambiente". Ephemera. 2005.
• Berenguer y Sanz. "Cuestiones en Microbiología. Ed. Hélice. 2002

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Principios de química supramolecular y sus aplicaciones
Profesores: Francisco Santoyo González y Fernando Hernández Mateo
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.

1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre síntesis química supramolecular. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema. 12. Desarrollar la comprensión del abordaje químico de los fenómenos y técnicas biológicas a los que puedes aplicarse 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

• CONCEPTOS GENERALES. Definición y Desarrollo de la Química Supramolecular. Clasificación de los compuestos "host-guest" supramoleculares. Los efectos quelato y macrociclico. Preorganización y complementariedad. Selectividad termodinámica y cinética. Naturaleza de las interacciones supramoleculares. Diseño de Hospedadores supramoleculares.
• HOSPEDADORES DE CATIONES. Eteres Corona. Eteres Laiat y podandos. Criptandos. Esferandos. Conducta en disolución. Selectividad en la complejación de cationes. Los efectos macrociclo macrobiciclico y plantilla. Preorganización y complementariedad. Ligandos suaves para iones metálicos suaves. Complejación de cationes orgánicos. Alcalidos y electidos. Calixarenos. Sideroforos.
• RECEPTORES DE ANIONES. Receptores de aniones biológicos. Conceptos básicos en el diseño de hospedadores de aniones. Hospedadores de aniones a partir de hospedadores de cationes. Receptores basados en guanidinio. Receptores organometalicos. Receptores neutros. Anticoronas.
• RECEPTORES DE MOLECULAS NEUTRAS. Compuestos clatrato para solidos inorganicos. Clatratos de hospedadores orgánicos. Complejos intracavidad de moléculas neutras. Química supramolecular de fullerenos.
• PLANTILLAS Y AUTO-ENSAMBLAJE. Autoensamblaje bioquímico. Autoensamblaje en sistemas sintéticos: cinética y termodinámica. Compuestos de coordinación autoensamblados. Autoensamblaje en complejos por puentes de hidrogeno. Catenanos y Rotaxanos. Helicatos. Nudos moleculares.
• DISPOSITIVOS MOLECULARES. Fotoquímica Supramolecular. Semioquímica. Máquinas electrónicas moleculares. Dispositivos electrónicos moleculares: interruptores, alambres y rectificadores. Máquinas moleculares basadas en catenanos y rotaxanos. Materiales ópticos no lineares. Dendrímeros
• MÍMICOS BIOLÓGICOS. Ciclodextrinas como enzimas mímicos. Corandos como mímicos de ATPasa. Hospedadores de cationes como mímicos de transacilasa. Mímicos del grupo hemo. Modelos de vitamina B 12

Bibliografia

• Supramolecular Chemistry, J. W. Steed and J. L Atwood, Willey (2000)
• Supramolecular Chemistry : Concepts and Perspectives . J. M. Lehn, Willey (1995)
• Principles and Methods in Supramolecular Chemistry. H. J. Schneider , A. K. Yatsimirski ; Jhon Willey & Sons (2000)
• Comprehensive Supramolecular Chemistry. J. L Atwood, J. E. D. Davies, D. D. Macnicol. F. Vögtle. Pergamon (1996).

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Productos naturales y su aplicación a la síntesis de productos de interés
Profesor: Enrique Álvarez de Manzaneda Roldán
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.

1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre productos naturales. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Desarrollar una actividad aprender a atender la diversidad cultural la práctica de investigación en el uso y purificación de compuestos naturales 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

1. Puri ficación de compuestos orgánicos de origen biologico.
2. Transformación química de compuestos naturales, tipos de transformación
3. Compuestos bioactivos: antibióticos, vitaminas y otros compuestos usados en sanidad humana o animal.

B ibliografía:

• Alvarez-Manzaneda, E.J.; Chahboun, R.; Barranco Pérez, I.; Cabrera, E.; Alvarez, E.; Alvarez-Manzaneda, R. First enantiospecific synthesis of marine nor-sesquiterpene (+)-austrodoral from (-)-sclareol. Tetrahedron Letters. 49. 5321-5324.2005
• Alvarez-Manzaneda, E.J.; Chahboun, R.; Barranco Pérez, I.; Cabrera, E.; Alvarez, E.; Alvarez-Manzaneda, R. First Enantiospecific Synthesis of the Antitumor Marine Sponge Metabolite (-)-15-Oxopuupehenol from (-Sclareol" Organic Letters. 1477-1480.2005.
• Alvarez-Manzaneda, E.J.; Chahboun, R.; Barranco Pérez, I.; Cabrera, E.; Alvarez, E.; Alvarez-Manzaneda, R.; Haidour, A.; Ramos López, Tetraedros Letters . 46.3755-3759. 2005

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Avances en las rutas biogenéticas de terpenoides, esteroides y polifenoles
El profesor que impartirá dicho curso es D. Enrique Oltra Ferrero
Tipo: fundamental, con 3 créditos, y optativo.
El curso pretende orientar al alumno en las rutas de síntesis biológica de una serie de compuestos orgánicos de gran utilidad en la industria en general y los que actualmente se obtienen en gran cantidad gracias a la transformación de plantas.
1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre las rutas biológicas de síntesis de compuestos biológicos y su aplicación biotecnológica. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Desarrollar el concepto de obtención y transformación biologica de compuestos bioactivos 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

1-Biosíntesis de pirofosfato de isopentenilo (IPP) a partir de acetil CoA.
2-Biogénesis de monoterpenos, sesquiterpenos y diterpenos.
3-Biosíntesis de óxido de escualeno.
4-Ciclación de oxido de escualeno a lanosterol en animales y hongos.
5-Conversión de lanosterol en colesterol en animales.
6-Biosíntesis de hormonas esteroides en vertebrados.
7-Biosíntesis de vitamina D y ácidos biliares.
8-Conversión de lanosterol en ergosterol en hongos.
9-Ciclación de óxido de escualeno a cicloartenol en plantas.
10-Triterpenos no esteroides.
11-Biosíntesis de carotenoides.
12-La ruta biogenética de los polifenoles.
Bibliografía:
-R. J. Simmonds, Chemistry of Biomolecules . Royal Society of Chemistry. Cambridge , 1992 .
-J. Mann, R. S. Davidson, J. B. Hobbs, D. V. Banthorpe, J. B. Harborne, Natural products: their chemistry and biological significance. Longman Scientific and Technical, Harlow , 1994 .
-G. D. Brown, Nat. Prod. Rep. 1998 , 15 , 653-696.
-P. M. Dewick, Nat. Prod. Rep. 2002 , 19 , 181-222.
-J. D. Connolly, Nat. Prod. Rep. 2002 , 19 , 494-513.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Introducción a la biocatálisis
Profesor: Francisco Rivas Sánchez.
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.

1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre el uso de microorganismos en los procesos de síntesis organicos. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema. 12. Desarrollar el concepto del uso de organismos vivos en los procesos cataliticos 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación
· Introducción. Situación actual y perspectivas de la biotransformación en Química Orgánica.
· Tipos de biocatalizadores usados en procesos de biotransformación.
· Reacciones en medios acuosos y no acuosos. Control experimental de las biotransformaciones.
· Tipos de biotransformaciones útiles en Química Orgánica.
· Aplicación de los procesos de biotransformación en la obtención de productos industriales.

Bibliografía

• Biotransformations in Preparative Organic Chemistry, H.G. Davies y R.H. Green, Academic Press, 1989.
• Enzymes in Synthetic Organic Chemistry, C.H.Wong y G.M. Whitesides, Pergamon, 1995.
• An Introducction to Biotransformations in Organic Chemistry, J.R. Hanson, W.H. Freeman/Spektrum, 1995.
• Enzymatic Reactions in Organic Media.,A.M.P. Koskinen y A.M. Klibanov Eds. Blackie Academic &Professional, 1996.
• Industrial Biotransformations. A. Liese, K. Seelbach, C. Wandrey. Wiley-VCH. 2000.
• Applied Biocatalysis in Specialty Chemicals and Pharmaceuticals. Badal C. Saha y David C.Demirjian Eds. ACS Symposium Series. American Chemical society. 2001.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Caracterización bioquímica y molecular de protozoos parásitos
Profesor Manuel Sánchez Moreno
Tipo: metodológico, con 3 créditos, optativo.

1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre la caracterización de protozoos parásitos y sus implicaciones en la patogenia.2. Comprensión y análisis del los métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema. 12. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

Programa:

1.- Breve Introducción a la Sistemática de los Protozoos Parásitos. Principales Grupos Taxonómicos.
2.- Técnicas de Aislamiento de nuevas cepas. Cultivo in vitro de las mismas. Principales medios de cultivo.
3.- Observación macroscópica aplicada a identificación y caracterización de nuevas cepas de protozoos.
4.- Principales Técnicas bioquímicas y moleculares:
4.1.- Aglutinación con lectinas.
4.2.- Caracterización isoenzimática: Mediante técnicas electroforéticas, en base a pI y Pm.
4.3.- Caracterización mediante el estudio del ADN del kinetoplasto (en el caso de tripanosomátidos) y del ADN genómico, para otros protozoos, mediante el empleo de endonucleasas de restricción.
4.4.- Utilidad de la PCR en la caracterización de estos protozoos.

Bibliografía

• De Bruijn MHL, Labrada LA, Smyth AJ , Santrich C, Barker DC 1993. A comparative study of diagnosis by the polymerase chain reaction and by current clinical methods using biopsies from Colombian patients with suspected leishmaniosis. Trop Med Parasitol 44: 201-207.
• Frank FM, Fernández MM, Caffaro CE 2000. Caracterización de la infección por Leishmania spp. en el Chaco salteño: respuesta inmune humoral, infección doble con T. Cruzi y especies de Leishmania involucradas. Medicina (Buenos Aires) 60: 86-87.
• Gonzalez AC, Thomas MC, Martínez-Carretero E, Carmelo E, López MC, Valladares B 2004. Molecular and immunological characterization of L14 ribosomal protein from Leishmania braziliensis. Parasitology 128: 139-47.
• Kaufman PB, Wu W, Kim D, Cseke L.J. 1995. Molecular and cellular Methods in Biology and Medicine CRC Press (London).
• Lu CR, Kaufman B, Cseke L. 2002. Microscopy: Light, Scanning Electron, Environmental Scanning Electron, Transmission Electron, and Confocal. In Kaufman, P.B., Cseke, L.J., and Kim, D.H. (Eds.) Handbook of Molecular and Cellular Methods in Biology and Medicine, Second Edition. CRC Press, Boca Raton, FL.
• Mckee T, Mackee JR. 2003. Bioquímica: Base molecular de la vida. 3ª Edicción. McGraw-Hill- Interamericana (Toronto).
• Safei A, Motazedian MH, Vasei M 2002. Polymerase chain reaction for diagnosis of cutaneous leishmaniasis in histologically positive, suspicious and negative skin biopsies. Dermatology 205: 18-24.
• Sambrook, J., Fritch, E.F., and Maniatis, T., (Irwin, N. associate) (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York.
• Sambrook J et al. 2000. Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Third Edition)
• News Editor 2.0 by Kai Garlipp
• Strickland G T. 2000. Tropical Medicine and Emerging Infectious Diseases. Margill A.J y Laughlin L.W. (Editores). 8 ª Edición. W. Saunders Company (USA).

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Inmunología
Profesores: Enrique F. García Olivares, Ricardo Rueda Cabrera
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.
1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre Inmunología.2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Desarrollar una actividad aprender la práctica de investigación y profesional 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

1. Estructura de las mucosas. Tipos de mucosas.
2. Tejidos linfoides asociados a mucosas. La IgA. FcRn.
3. Mecanismos de homing linfocitario hacia las mucosas. Moléculas de adhesión y quimioquinas.
4. Mucosa intestinal. Placas de Péyer. Células M.
5. Poblaciones leucocitarias de la lámina propia. Células B CD5+ y CD5-. Células memoria. Respuesta Th1/Th2.
6. Poblaciones leucocitarias intraepiteliales. Células T?d.
7. Tolerancia oral. Posibles mecanismos. Aplicación a las enfermedades inmunitarias.
8. Enfermedad inflamatoria intestinal.
9. Estructura anatómica y funcional del ojo. Cámara anterior y posterior.
10. Poblaciones leucocitarias en el ojo.
11. Presentación del antígeno en el ojo.
12. Privilegio inmunológico de la cámara anterior.
13. Inmunoregulación de la inflamación uveoretinal.
14. Conjuntivitis alérgicas.
15. Uveitis.
16. Transplante de Córnea.
17. Estructura anatómica y funcional de la placenta.
18. La decidua. Poblaciones leucocitarias deciduales. Las células NK 56
19. La célula decidual estromal.
20. Expresión de antígenos HLA por el trofoblasto. Antígenos HLA-G.
21. Mecanismos de tolerancia inmunológica materno-fetal.
22. La decidua como tejido linfoide.
23. Respuesta inmunológica en el aborto espontáneo.
24. Enfermedades obstétricas de base inmunológica: Preeclampsia.

Bibliografía
Textos

• Handbook of Ocular Immunology, edited by Robert de Keizer , Martine Jager, Aize Kijlstra. Buren, The Netherlands, Aeolus Press/distributed by Swets & Zeitlinger, 1998. 304p.
• Loke YW and King A. Human Implantation. Cell Biology and Immunology. Cambridge University Press, Cambridge , 1995.

Revistas

• American Journal of Reproductive Immunology. Blackwell Publishing.
• Journal of Reproductive Immunology. Elsevier.
• Mucosal Immunology Update. Revista de la Society for Mucosal Immunology. Galaxy Classics. Frederick , MD.
• Ocular Immunology and Inflammation. Swets and Zeitlinger Publishers. Netherlands .
• Publicaciones
• Blumberg RS and Strober W. Prospects for Research in Inflammatory Bowel Disease. JAMA 2001, 285:643-647.
• Strober W, Fuss IJ and Blumberg RS. The immunology of mucosal models of inflammation. Annu. Rev. Immunol. 2002, 20:495-549.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés


Desarrollo y fundamentos de sistemas inmunológicos de diagnóstico y detección
Profesor: Antonio Osuna Carrillo de Albornoz.
Tipo fundamental, con 3 créditos y optativo.
1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre los métodos de diagnostico inmunológico
2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.12. Desarrollar una actividad aprender a atender la investigación y aplicación profesional 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

1. Bases Fisicoquímicas de la unión antígeno- anticuerpo
2. Cinética de las reacciones antígeno-anticuerpo.
3. Métodos de purificación de anticuerpos
4. Antígenos. Propiedades de los antígenos. Adyuvantes. Epitopos. Haptenos. Mitógenos y superantígenos.
5. Procedimientos de unión Proteína-proteína croslinking
6. Métodos de marcaje de anticuerpos o antígenos
7. Métodos clásicos:
8. Inmunofluorescencia
9. Inmunoprecipitación
10. Aglutinación
11. Métodos inmunoenzimáticos
12. Inmunocromatografía
13. Inmunosensores: amperometricos; microgravimetricos; Plasmón; Uso de transistores MOSFET
14. Practicas de Purificación de IgG; Unión a enzimas; aglutinación; y ELISA de captura

Bibliografía básica

• Practical Immunology L. Hudson FC Hay BlackwellSc Publication
• Protein methods D. M. Bollag &S. Edelstein. Wiley -liss Edt
• Immunology J.Kuby. freedman Edt
• Antibodies a laboratory Manual David Lane Ed Harlow

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés




Bases moleculares y celulares del estrés oxidativo
Dirigido por los profesores: Darío Acuña Castroviejo y Germaine Escames Rosa
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.
1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre análisis de las bases moleculares del estrés oxidativo
2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema. 12. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación
1.-Radicales libres. Química, tipos de radicales libres y reacciones. Radicales libres de osígeno y de nitrógeno. Acciones biológicas y efectos tóxicos.
2.-Sistemas de defensa antioxidante. Mecanismos enzimáticos y no enzimáticos. Depuradores endógenos de radicales libres. Regulación de los enzimas antioxidantes.
3.-La mitocondria como principal generador de radicales libres en la célula. Aspectos básicos de la función mitocondrial.
4.-bioenergética mitocondrial
5. Muerte y reparación mitocondrial
6. Mutaciones mitocondriales
7.-Control hormonal de la homeostasis mitocondiral. La melatonina
8.-Mitocondria y evolución
9-La melatonina como principal antioxidante endógeno. Aspectos filogenéticos de la función de la melatonina. Regulación de la homeostasis mitocondrial por la melatonina.

Bibliografía

Libros y monografías

1. De Grey ADNJ. The mitochondrial free radical theory of aging. RG Landes Company, Austin, Texas, USA, 1999.
2. Scheffler IE. Mitochondria. Wiley-Liss, New York, USA, 1999.
3. Brown GC, Nicholls DG, Cooper CE. Mitochondria and cell death. Portland Press, London, UK, 1999.
4. Nicholls DG, Ferguson SJ. Bioenergetics3. Academic Press, New York, USa, 2002.
5. Blass JP, McDowell FH. Oxidative/energy metabolism in neurodegenerative disorders. Ann NY Acad Sci, vol. 893, New York, USA, 1999.
6. Halliwell B, Gutteridge MC. Free radicals in biology and medicine. Oxford University Press, New York, USA, 1999.
7. Weissman BA, Allon N, Shapira S. Biochemical, pharmacological, and clinical aspects of nitric oxide. Plenum Press, New York, USA, 1995.
8.-D.L. Gilbert, C. A. Colton (eds.). Reactive oxygen species in biological systems. Kluwer Academic, New York, 1999.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés


Biotecnología, ética y sociedad
Profesor: Enrique Iáñez Pareja
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.


1. Adquisición de conocimientos avanzados las implicaciones éticas de las técnicas y desarrollos biotecnológicos. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Desarrollar una actividad aprender a atender a la diversidad cultural e individual que caracteriza la percepción de la biotecnología 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

1. Desde el corto plazo al largo plazo
2. ¿Cómo se rellena el hiato entre uno y otro? ( Dale, 1999 ).
3. Experimentos a corto plazo y liberaciones a largo plazo
4. Cómo desarrollar criterios sobre impactos de las transgénicas
5. Flujo de genes en contexto biogeográfico
6. Evaluación y control del flujo de genes
7. Estado actual de la cuestión
8. Hibridación
9. Tasas de hibridación
10. Múltiples poblaciones fuente
11. Introducciones repetidas
12. Efectos del tamaño de las poblaciones donantes y receptoras
13. Fuentes de variabilidad y problemas de cálculo del flujo génico
14. Dispersión
15. Recomendaciones para el futuro
16. Hacia una mejora de la evaluación ambiental de las transgénicas
17. Necesidad de nueva investigación basada en las tendencias recientes en biotecnología y liberaciones en
18. Necesidad de un proceso estructurado y jerarquizado de evaluación de riesgos

Referencias
AL MAZYAD, P.R, K. AMMANN (1999): "Biogeografical assay and natural gene flow", en Methods for Risk Assessment of Transgenic Plants III: Ecological risks and prospects of transgenic plants, K. Amman, Y. Jacot, V. Simonsen y G. Kjellsson (eds.), Basilea: Birkhäuser Verlag, p.95-98.
IAÑEZ PAREJA, E. (Coord.). 2002. Plantas transgénicas: De la Ciencia al Derecho. Ed. Comares, Granada.
DALE, P.J. (1999): "Short-term effects, long term effects and standardisation of limits", en Methods for Risk Assessment of Transgenic Plants III: Ecological risks and prospects of transgenic plants, K. Amman, Y. Jacot, V. Simonsen y G. Kjellsson (eds.), Basilea: Birkhäuser Verlag, p. 57-62
KJELLSSON, G. (1999): "Methodological lacunas: the need for new research and methods in risk assessment", en Methods for Risk Assessment of Transgenic Plants III: Ecological risks and prospects of transgenic plants, K. Amman, Y. Jacot, V. Simonsen y G. Kjellsson (eds.), Basilea: Birkhäuser Verlag, p.185-194.
KLINGER, T., N.C ELLSTRAND (1999): "Transgene movement via gene flow: reccomendations for improved biosafety assessment", n Methods for Risk Assessment of Transgenic Plants III: Ecological risks and prospects of transgenic plants, K. Amman, Y. Jacot, V. Simonsen y G. Kjellsson (eds.), Basilea: Birkhäuser Verlag, p. 129-140.
TØMMERÅS, B., K. HINDAR (1999): "Assessment of long-term environmental impacts of transgenic trees: Norway spruce as a case study", en Methods for Risk Assessment of Transgenic Plants III: Ecological risks and prospects of transgenic plants, K. Amman, Y. Jacot, V. Simonsen y G. Kjellsson (eds.), Basilea: Birkhäuser Verlag, p. 69-75.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Biotecnología vegetal
Profesores: Luis F. García del Moral y Vanesa Martos Núñez.
3 créditos.

1. Adquisición de conocimientos avanzados en Biotecnología Vegetal. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Desarrollar una actividad aprender a atender a la diversidad cultural e individual que caracteriza la práctica de investigación y profesional 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

• Cultivo in vitro de células de plantas y protoplastos. El crecimiento y desarrollo de las plantas. Cultivos in vitro. Medios y hormonas. Cultivo de tejidos y órganos de plantas. Cultivo de células vegetales. Obtención de protoplastos. Regeneración de plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas. Aplicaciones del cultivo de células vegetales: Producción de compuestos complejos y plantas libres de patógenos. Micropropagación y propagación a gran escala.
• Mejora clásica. Importancia del germoplasma. Bancos de germoplasma. Programas de mejora por selección en plantas autógamas y alógamas: perspectivas. Variación somaclonal. Híbridos interespecíficos e intergenéricos. Fusión de protoplastos: Hibridación somática. Perspectivas de furturo.
• El genoma vegetal. Características. Requerimientos para la expresión de proteínas foráneas en plantas. Promotores y terminadores. Especificidad tisular. Expresión génica en plantas. Herencia citoplasmática. Elementos transponibles y transposones. Expresión génica en plantas. Principales tipos de marcadores moleculares en plantas.
• Plantas transgénicas. Vectores de plantas. Uso de genes delatores (GUS, luciferasa, CAT, GFP). Agrobacterium tumefasciens y A. rhizogenes. Bloqueo de la expresión con ARN antisentido. Métodos de transformación directa. Métodos químicos. Transferencia de DNA por medio de liposomas. Electroporación, microinyección, biolística.
• Aplicaciones biotecnológicas I - Resistencia a herbicidas en plantas. Resistencia a insectos. Resistencia a infección por virus. Plantas resistentes a hongos y bacterias. Plantas resistentes a la salinidad y estrés oxidativo.
• Aplicaciones biotecnológicas II - Modificación de la cantidad y calidad de proteínas de plantas. Expresión de anticuerpos en plantas. Ornamentación floral. Obtención de plantas androestériles.
• Cartografía y secuenciación de genomas de plantas. Cartografia de cromosomas. Métodos moleculares. La ciencia genómica. Secuenciación de genomas. Microchips de ADN. Perspectivas futuras.
• Proteómica Vegetal: Metodología y estrategias para el análisis del proteoma. Identificación de proteínas. Análisis de fosfopéptidos. Ionómica, Enzimomómica, Metabolómica e Interactómica.

Bibliografía

• ACQUAAH, G. 2006. Principles of Plant Genetics an Breeding. Blackwell, London.
• BENITEZ BURRACO, A. 2005. Avances recientes en Biotecnología Vegetal e Ingeniería Genética de Plantas. Ed. Reverté, Barcelona.
• BHOJWANI S.S., RAZDAN M.K. 1996. Plant tissue culture: theory and practice. A revised Edition. Elsevier Science, Amsterdam.
• CHAWLA, H.S. 2002. Introduction to Plant Biotechnology. 2nd ed., Science Publishers, Enfield.
• CHRISTOU P., KLEE H. (eds.) (2004). Handbook of Plant Biotechnology. 2 vols. John Wiley & Sons, Chischester, England.
• FINNIE, C. (Ed.). 2006. Plant Proteomics. Blackwell, London.
• GELVIN, S.B., SCILPEROORT, R. (EDS). 2000. Plant Molecular Biology Manual. 2nd ed., Kluwer Academic Pub., Dordrecht, The Hague.
• IAÑEZ PAREJA, E. (Coord.). 2002. Plantas transgénicas: De la Ciencia al Derecho. Ed. Comares, Granada.
• NUEZ, F.; CARRILLO, J.M.; LOZANO, R. (Eds.). 2002. Genómica y mejora vegetal. Junta de Andalucía-Mundiprensa. Sevilla.
• PEÑA, L. (ed.). 2005. Transgenic Plants. Methods and Protocols. Humana Press, Totowa, New Jersey.
• PIERIK R.L.M. 1997. In Vitro Culture of Higher Plants. Kluwer Academic Pub., Dordrecht, The Netherlands.
• SLATER, A., SCOTT, N., FOWLER, M. 2003. Plant Biotechnology. The Genetic Manipulation of Plants. Oxford University Press, Oxford.
• SMITH, R.H. 2000. Plant Tissue Culture. Techniques and Experiments, 2nd Edition. Academic Press, New York.
• WEISING, K., NYBOM, H., WOLFF, K., KAHL, G. 2005. DNA Fingerprinting in Plants. Principles, Methods, and Applications. CRC Press, Boca Raton, Florida.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Mecanismos de desarrollo en el sistema nervioso central
Profesores: Julio Navascués Martínez, Miguel A. Cuadros Ojeda y Ruth Calvente Iglesias
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.
Dicho Curso versa sobre el modelo embrionario de desarrollo neuronal, de las diferentes células que componen el sistema nervioso y organogenesis del cerebro tanto "in vivo" como "in vitro". Se hace especial mención al cultivo de células y tejidos y al cultivo de células indiferenciadas y su diferenciación.
1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre embriogénesis y órganogenesis del sistema nervioso central. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema
Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

Programa
1. Muerte y supervivencia celular durante el desarrollo del Sistema Nervioso
1.1. Características generales de la muerte celular. Apoptosis, necrosis y otros mecanismos de muerte celular. Técnicas para poner de manifiesto la muerte celular. Mecanismos de muerte y vias por las que cursan.
1.2. Muerte celular durante el desarrollo inicial del Sistema Nervioso: procesos de muerte celular que ocurren antes del establecimiento de conexiones. Participación de la muerte celular en procesos morfogénicos del Sistema Nervioso. Regulación del número de precursores. Eliminación de tipos celulares específicos. Participación de la muerte celular en procesos histogénicos del Sistema Nervioso.
1.3. Muerte celular asociada al establecimiento de conexiones. Factores tróficos. Teoría neurotrófica. Acoplamiento de poblaciones celulares en el Sistema Nervioso. Otros mecanismos de control de la muerte celular en neuronas que han establecido conexiones. Degeneración de células no neurales durante el desarrollo.
2. Neurogénesis.
2.1. Inicios del Sistema Nervioso: la placa neural. Formación del tubo neural. Movimiento intercinético y división de las células neuroepiteliales.
2.2. Adquisición de características celulares diferentes. Divisiones simétricas y asimétricas. Divisiones radales y tangenciales. Migración celular en tubo neural. Formación de diferentes regiones dentro del tubo neural. Formación de clones y destino de los mismos; técnicas de estudio de los clones.
2.3. Diferenciación de los diferentes tipos celulares maduros del Sistema Nervioso. Crecimiento axónico. Establecimiento de sinapsis.
3. Origen y diferenciación de las células gliales.
3.1. Tipos de células gliales en el Sistema Nervioso central. Macroglia: astrocitos y oligodendrocitos. Glioblastos. Origen de los astrocitos. Glía radial. Papel de los astrocitos durante el desarrollo y en el adulto. Reacción astroglial.
3.2. Oligodendrocitos. Origen de los oligodendrocitos. Migración de oligodendrocitos inmaduros. Diferenciación de oligodendrocitos.
3.3. Microglia. Tipos de células microgliales durante el desarrollo y en el adulto. Origen de la microglia. Microglia ameboide. Papel de las células microgliales durante el desarrollo. Migración de células microgliales. Reacción microglial.


Referencias bibliográficas:
-De Zio et al (2005) Expanding roles of programmed cell death in mammalian neurodevelopment. Seminars in Cell Biology, 16:281-294.
-Gilbert, SF (2003) Developmental Biology (7ª ed) Sinauer Associates.
-Guimaraes, CA y Linden, R (2004) Programmed cell death. Apoptosis and alternative deathstyles. European Journal of Biochemistry, 271:1638-1650.
-Kandel et al (2000) Principles of neural science (4ª ed) McGrawHill.
-Kettenmann, H y Ransom, BR (2004) Neuroglia (2ª ed). Oxford University Press.
-Kintner, C (2002) Neurogenesis in embryos and in adult neural stem cells. Journal of Neuroscience 22:639-643.
-Kuan et al (2000) Mechanism of programmed cell death in the developing brain. Trends in Neuroscience, 23:291-297.
-Holliday, M (2001) Neurogenesis in the vertebrate neural tube. International Journal of Developmental Neuroscience, 19:161-173.
-Lee et al (2001) Regulation of cell survival by secreted proneurotrophins. Science 1945-1948.
-Mallat et al (2005) Phagocytosis in the developing CNS: more than clearing
the corpses. Current Opinion in Neurobiology, 15:101-107
-Marín-Teva et al (2004) Microglia promote the death of developing Purkinje cells. Neuron 41:535-547.
-Squire et al (2003) Fundamental neuroscience (2ª ed) Academic Press.
Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas
Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)
* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Transporte iónico en las membranas celulares
Profesor: Agatángelo Soler Díaz
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo.

1. Adquisición de conocimientos avanzados sobre trasporte iónico y las consecuencias bioquímicas, fisiológicas y fisicoquímicas en el citoplasma celular. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Desarrollar una actividad aprender a atender la interdisplinareidad de la investigación en dicho tema 13. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

1). Las células están compartimentalizadas.
2). Los compartimentos líquidos celulares composición electroquímica, coloidosmótica y en ocasiones osmótica. Gradientes electroquímicos, coloidosmóticos y osmóticos que Gradientes de sodio, potasio, calcio y pH y de los mecanismos que los generan, mantienen y modifican.
Generación del potencial eléctrico de la membrana en células excitables y no excitables (La neurona y el glóbulo rojo). De la regulación del volumen celular frente a cambios en la osmolaridad del medio.
3). Introducción a la termodinámica en los procesos de transporte. Energía libre y espontaneidad de los procesos. Difusión de moléculas pequeñas a través de bicapas fosfolipídicas. El caso de los mecanismos que generan gradientes (transporte activo primario). El caso de los mecanismos que disipan los gradientes principales para crear otros (transporte acoplado activo secundario). El caso de los mecanismos que disipan gradientes para generar corriente (canales). Consideraciones especiales cuando el transporte acoplado es electrogénico (El intercambiador 3Na+/1Ca2+ del sarcolema miocárdico).
Familias de proteinas que generan gradientes consumiendo ATP. Árbol filogenético: 1) ATPasas de clase P:
1a). Bombas de protones de clase P (en Procariotas y Eucariotas inferiores, en células gástricas de mamífero).
2a). Bomba Na+/K+ de mamíferos: estructura, subtipos, localizaciones celulares. Cinética y métodos de estudio. La inhibición por digitálicos en la insuficiencia cardíaca y en la génesis de la hipertensión arterial. Rol fisiológico en el transporte transepitelial. El caso de riñón. Expresión y funciones en animales acuáticos de aguas dulces y saladas.
3a). Bombas de Ca2+ : La ATPasa de la membrana plasmática de las células eucariotas. Estructura y funciones. Activación por calmodulina. Cinética y métodos de estudio. Casos especiales: el cardiocito, la neurona y del glóbulo rojo canino.
3b).Bombas de Ca2+ : La ATPasa de la membrana del retículo sarcoplásmico de las células musculares (SERCA). Estructura, funciones. Rol en las contracciones de músculo cardíaco, esquelético y liso (vascular y visceral). Regulación (Fosfolanbam).
4.2). Familias de proteinas que generan gradientes de protones consumiendo ATP: 1) ATPasas de clases F y V:
1a).Clase F. Estructura y función. Membranas mitocondrial interna y tilacoide del cloroplasto.
1b).Clase V. Estructura y función. Membranas de vacuolas en vegetales, Membranas de lisosomas y endosomas en células animales (Estudio de la regulación del pH intracelular en un parásito con estadios intracelulares y extracelulares: Trypanosoma cruzi). Membrana plasmática de células animales secretoras de ácido (Los osteoclastos y el túbulo renal).
2) ATPasas de clase ABC: Centro activo en "casette". Retículo endoplásmico y presentación de antigenos de superficie).
4.3. Las flip-flopasas y el mantenimiento de la asimetría en la composición fosfolipídica interna y externa de la membrana plasmática. (Casos de la agregación plaquetaria y la apoptosis).
5. Superfamilias de simportadores y antiportadores: Propiedades generales. Transportadores acoplados de Na+ y glucosa, Transportadores acoplados de Na+, K+ y Cl- (NKCC1, NKCC2, NCC y KCC). Transportadores acoplados de Na+ y Ca2+, Transportadores acoplados de Na+ y Mg2+. Transportadores acoplados de Na+ y H+. Localización y roles fisiológicos.
6. Introducción a las familias, y clases de canales iónicos y de agua (Acuaporinas). Propiedades generales. Estructura. Examen de algunos casos relevantes. Métodos de estudio. Empalamiento con electrodos y pinzamiento de voltaje. Tipos de Patch- clamp para registro de un único canal.
7. Metodología del estudio. Permeabilización de membranas externas. Modificación de contenidos intracelulares por ionóforos, electroporación y "scratching". Metodología de los estudios cinéticos, Distinción entre transportadores por sus diferencias cinéticas.
8. Uso de agentes farmacológicos para la identificación de transportadores. Utilidad. Mitos y realidades (estudio de casos relevantes).
9. Medida de flujos mediante Espectrometrías de Absorción y de Emisión Atómicas. Métodos y requerimientos (Su utilidad en el diseño de experimentos zero-trans). Medida de flujos mediante radionúclidos (Su utilidad en el diseño de experimentos cis-trans).
10. Introducción al estudio de cambios dinámicos de concentraciones iónicas en tiempo real mediante sondas fluorescentes. Carga y desesterificación con Fura-2 AM, Indo-2 AM y Fluo AM. Metodología y detección de fracasos. Calibraciones y establecimiento de la curva patrón fluorescencia/concentración. Medida de Ca2+ citosólico. Medida de pH intracelular. Medida de potencial de membrana.
11. Imagen de calcio intracelular en células aisladas. Protocolo de carga con Fura-2 AM en células cultivadas. Desarrollo de una curva de concentración respuesta para un agonista y cálculo de la EC50


BIBLIOGRAFÍA:
1. Biomembrane Transport, L.J. van Winkle. 1999. Academic Press, San Diego CA, USA..
2. Fluorescent and Luminiscent Probes for Biological Activity: A Practical Guide to Technology for Quantitative Real-Time Analysis. 2nd ed. WT Mason Ed. Biological Techniques. Academic Press, 1999 London UK.
3. Membrane Transport,. A Practical Approach. 2000. Stephen A. Baldwin ed. Oxford University Press, Oxford UK
4. Handbook of FluorescentProbes and Research Products, 9th ed. 2002
Richad P. Haughland Molecular Probes.Eugene, OR USA
5. Imaging Neurons: A Laboratory Manual. R. Yuste , F Lanni , A. Konnerth eds. 2005,
Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, N.Y. USA

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés


Cristalografía de macromoléculas
Profesor: López Jaramillo, F. Javier
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo
1. Adquisición de conocimientos en biomineralización. 2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema 3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica 4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación 5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas 6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales 7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso 9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales 10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso. 11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema

Prerrequisitos:
* Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación

Solubilidad, sobresaturación y diagrama de fases.
Se describirá la importancia de la sobresatuación como fuerza motriz de la cristalización (nucleación y crecimiento) y su repercusión sobre el resultado de los experimentos de cristalización.
Búsqueda de condiciones de cristalización.
Se identificarán los elementos claves y las posibles estrategias a seguir para la cristalización de una macromolécula. Se describirá el uso racional de kits de cristalización y se introducirá la filosofía high throughput screening (HTS)
Técnicas de cristalización.
Se presentarán las técnicas de cristalización actualmente en uso (batch, gota colgante, gota sedante, cristalización en geles, acupuntura, microgravedad), las características de cada una de ellas y como implementarlas con el objetivo de proporcionar criterios que permitan la elección de una u otra técnica.
Cristalización de proteínas de membrana y de ácidos nucléicos.
Se describirán las peculiaridades de la cristalización de ácidos nucléicos (importancia farmacológica de los complejos ADN-fármaco) y se incidirá en los últimos avances en la cristalización de proteínas de membranas (son dianas terapéuticas de primera elección)
Difracción de rayos X: conceptos, instrumentación y metodología.
Se desarrollarán los conceptos básicos que describen la interacción de la radiación X con la materia y se presentará la instrumentación (fuentes de rayos X, detectores, "criocristalografía"...) empleada para la difracción de cristales de macromoléculas.
El problema de las fases en cristalografía. Procedimientos para la determinación de fases.
Se presentará el problema de las fases en cristalografía y las diferentes aproximaciones (reemplazamiento molecular, medida de señal anómala...) existentes para abordarlo.
Refinamiento de estructuras: conceptos aspectos claves y estrategias
Se presentará el plan de trabajo general cuando se refina una estructura y se describirán los diferentes protocolos de refinamiento, haciendo especial hincapié en los parámetros a evaluar en la elección de las diferentes estrategias.
Se proponen dos 2 prácticas
Cristalización de la proteína modelo lisozima de gallina : se cristalizará la lisozima de gallina mediante difusión de vapor, batch, diálisis y en geles.
El objetivo es que los alumnos pongan en práctica los conocimientos adquiridos y entren en contacto con la forma de trabajar en cristalografía.

Visita a equipo de rayos X de servicios técnicos de la Universidad.
El objetivo aproximar la instrumentación a los alumnos y que los alumnos vean "in situ" como se difracta un cristal.
El objetivo global de ambas prácticas es demostrar a los alumnos que es factible abordar estudios estructurales en el seno de la Universidad de Granada.

Bibliografia General

• "Crystallization of nucleic acids and proteins. A practical approach". Ed. A. Ducruix and R. Giegé. Oxford Unversity Press Second Ed. 1999
• "Crystallization of Biological Macromolecules". A. McPherson. Cold Spring Harbor Laboratory, 1999
• "Protein Crystallization. Techniques, strategies and tips". T. Bergfors. International University Line 1999
• "Principles of Protein X-ray Crystallography". Jan Drenth. Springer Verlag Publishing 1999
• "Crystallography Made Crystal Clear". Gale Rhodes. Academic Press, 1993
• "X-Ray Structure Determination: A Practical Guide". George H. Stout, Lyle H. Jensen. Wiley-Interscience 1989 (2nd Edition)

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Diseños de investigación y técnicas de comunicación científica
Nº de créditos asignados: 4 ECTS
Profesor que imparte el curso: Gualberto Buela-Casal
Objetivos de la asignatura (expresados preferentemente en términos de resultados del aprendizaje esperados y competencias que se han de adquirir)
· Adquisición de conocimientos avanzados sobre diseños de investigación.
· Capacidad de análisis crítico de textos científicos.
· Habilidad para redactar textos científicos .
· Capacidad para comunicar de forma oral trabajos científicos.
· Adquisición de conocimientos sobre revistas científicas y las normas de publicación
· Adquisición de conocimientos sobre sistemas de evaluación de las revistas científicas.
· Habilidad para revisar textos científicos.
· Habilidad para seleccionar las revistas en función del tipo de artículo.

• Prerrequisitos:

· Nivel adecuado para redacción de textos científicos en castellano.
· Lectura y comprensión de inglés científico.
· Conocimiento de las normas de publicación en revistas científicas.
· Conocimientos sobre métodos de investigación y técnicas estadísticas.

• Contenidos del programa del curso ( programa abreviado, sólo los principales epígrafes )

· La investigación científica en psicología
· Diseños de investigación .
· La publicación científica
· La presentación oral de trabajos científicos
· La evaluación y revisión crítica de trabajos científicos
· La redacción de textos científicos.

• Bibliografía recomendada
• Buela-Casal, G. (2002). La evaluación de la investigación científica: el criterio de la opinión de la mayoría, el factor de impacto, el factor de prestigio y "Los Diez Mandamientos" para incrementar las citas. Análisis y Modificación de Conducta, 28 , 455-475
• Buela-Casal, G. (2003). Evaluación de la calidad de los artículos y de las revistas científicas: propuesta del factor de impacto ponderado y de un índice de calidad. Psicothema, 15 , 23-35.
• Buela-Casal, G. (2005). Manual práctico para hacer un doctorado. Madrid: EOS Universidad.
• Buela-Casal, G. (2005). Situación actual de la productividad científica de las universidades españolas. International Journal of Clinical and Health Psychology, 5 , 175-190.
• León, O. (2005). Cómo redactar textos científicos en psicología y educación . España: Netbiblo
• Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos

Clases presenciales (25 Horas, 1 ECTS)
Exposición del profesor
Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
Exposiciones orales de trabajos
Trabajos prácticos
Trabajo no presencial (75 horas, 3 ECTS)
Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
Lectura crítica e informe escrito sobre de artículos
Realización de diseños de investigación sobre temas específicos
Preparación de exposiciones orales de temas específicos
Redacción de un texto científico.

• Criterios y Métodos de evaluación/es

Participación en discusiones de clase (10%)
Diseño de una investigación (20%)
Exposición oral y defensa de un diseño de investigación (10%)
Redacción de un artículo científico (60%

• Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en castellano e inglés

Terpenoides de Interés Biotecnológico: Biosíntesis, Elucidación Estructural y Síntesis
Profesores: M. Mar Herrador del Pino y Alejandro Fernández Barrero
Número de créditos: 3
Programa:

• Selección y uso de bibliografía sobre Productos Naturales
• Principales rutas biosintéticas hacia metabolitos secundarios: Ruta del acetato, Ruta del sikimato, Ruta del mevalonato, Productos Naturales de origen biosintético mixto · Métodos de extracción, aislamiento y purificación de Productos Naturales
• Identificación de Productos Naturales mediante espectroscopia de masas, espectroscopia de UV-Visible, espectroscopia de IR espectroscopia de RMN mono y bidimensional)
• Uso de Productos Naturales en la síntesis de compuestos de interés.
• Metodologías de síntesis biomiméticas: ciclaciones. Aplicaciones de estas metodologías

Bibliografía

• Tedder, J.M.; Nechvatal, A.; Murray, A.W.; Carnduff, J. Química Orgánica. Un método Mecanicista. Parte4. Los Productos Naturales. Urmo, S.A., 1975
• Torssell, K.B. Natural Product Chemistry. A Mechanistic and Biosynthetic Approach to Secondary Metabolism. Wiley & Sons. 1983.
• Hanson, J.R. Natural Products. The Secondary Metabolitos. Royal Society of Chemistry, 2003
• Dewick, P.M. Medicinal Natural Products. A Biosynthetic Approach. Second Edition. Wiley & Sons. 2002
• Mann, J.; Davidson, R.S.; Hobbs, J.B.; Banthorpe, D.V.; Harborne, J.B. Natural Products. Their Chemistry and Biological Significance. Longman Scientific & Technical. 1994
• Nathan, J.;Díaz, E. Introducción a la Resonancia Magnética Nuclear. Limusa-Wiley, S.A. 1970
• Pretsch, Clerc, Seibl, Simon, Tablas para la Determinación Estructural por Métodos Espectroscópicos. Springer. 1998
• Duddeck,H.; Dietrich, W.; Tóth, G. Elucidación Estructural por RMN. Springer. 2000
• Crews, P.; Rodríguez,J.;Jaspars, M. Organic Structure Análisis. Oxford University Press. 1998
• Ho, T.-L. Carbocycle Construction in Terpene Synthesis. VCH. 1988
• Nicolau, K. C.; Sorensen, E.J. Classics in Total Synthesis. Wiley-VCH.
• Nicolau, K.C.; Zinder, S.A. Classics in Total Synthesis II. Wiley-VCH.
• Phytochemistry. Revista de publicaciones sobre Productos Naturales
• Journal of Natural Products. Revista de publicaciones sobre Productos Naturales
  

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés



Transgenésis y clonacion animal en la investigación biotecnológica.
Profesores: Miguel Burgos Poyatos y Rafael Jiménez Medina
Tipo: fundamental, 3 créditos, optativo
1. Adquisición de conocimientos en biomineralización.
2. Buena comprensión y análisis de las teorías, interpretaciones, métodos y resultados de investigación existentes sobre el tema
3. Capacidad de evaluar de forma crítica e interpretar nuevos desarrollos en teoría y práctica
4. Capacidad para aplicar el conocimiento teórico a la investigación
5. Buscar e integrar información sobre análisis del proteínas
6. Habilidad para analizar de forma crítica artículos experimentales
7. Aprender a diseñar investigaciones en la temática del curso.
8. Capacidad para elaborar trabajos e informes de investigación sobre la temática del curso
9. Adquirir habilidades de presentación en público y discusión de diseños de investigación y sus posibles aplicaciones a problemas reales
10. Aplicar los conocimientos adquiridos de forma creativa para identificar problemas, plantear hipótesis y diseños de investigación sobre los temas discutidos en el curso.
11. Familiarizarse con las nuevas tecnologías y herramientas asociadas al tema.
12. Fomentar la inquietud por un desarrollo y reciclaje continuo en el tema Prerrequisitos: * Lectura fluida de inglés científico.
* Conocimientos básicos (nivel de pregrado) de las principales teorías y enfoques en análisis del comportamiento.
* Conocimientos básico (nivel de pregrado) de la metodología de investigación
Transgénesis. Concepto y bases genéticas
2 Técnicas y tipos de transgenización Requerimientos de una unidad de transgénesis Desarrollo cronológico de la producción de animales transgénicos Producción de ratones transgénicos por microinyección Técnicas basadas en el uso de células madre embrionarias La transgénesis animal en la práctica
3 Aplicaciones de la transgénesis animal
4 Introducción a la clonación ¿Qué es la clonación? Reversibilidad de la diferenciación celular
5 Metodología de la clonación Los inicios de la transferencia nuclear La clonación en mamíferos
6 Revisión histórica
7 Beneficios y peligros de la clonación Clonación en la investigación Clonación de ejemplares con valor comercial Clonación de organismos transgénicos
8 Consideraciones éticas
Bibliografía
Brinster R (1974). J. Exp. Med. 1049-1056.
Brinster y col., (1983) Nature 306: 332-336.
Campbell K y col., (1996) Nature 380:64-6.
Gordon JW and Ruddle FH (1981). Science 214: 1244-1246
Gurdon J y col. (1975) J Embryol Exp Morphol 34:93-112.
Hammer y col., (1985) Nature 315: 680-683.
Jaenisch R (1976). Proc. Natl. Acad. Sci. 73: 1260-12 Karatzas y col., (1999)
Transgenic Res. 8: 476-477. McGrath J y col. (1984) Science 226:1317-9.
Ryan y col., (1997) Science 278: 873-876.
Wilmut I y col. (1997) Nature 385:810-3.
Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas


Insecticidas ecológicos: aplicaciones biotecnológicas de las toxinas de Bacillus thuringiensis
Profesora: Susana Vilchez Tornero
Tipo: Metodológico. 2 créditos. Optativo.
En el curso "Insecticidas ecológicos: aplicaciones biotecnológicas de las toxinas de Bacillus thuringiensis" se realizará una revisión sobre los métodos biotecnológicos que se han puesto en marcha o están en fase de experimentación para el control de poblaciones de insectos que representan una plaga para cultivos de importancia económica. Nos centraremos más concretamente en el insecticida biológico por excelencia: el producido por la bacteria Bacillus thuringiensis. Analizaremos la naturaleza de las toxinas Cry, su modo de acción, las aplicaciones de dichas toxinas para la protección de cultivos, y su uso en plantas modificadas genéticamente. Debatiremos los pros y los contras de la utilización de insecticidas biológicos así como su viabilidad económica.
En este curso de doctorado se persiguen los siguientes objetivos pedagógicos:
1. Se pretende que el alumno aprenda el concepto de insecticida ecológico y ejemplos de aplicaciones biotecnológicas reales puestas en marcha para el control de insectos patógenos de plantas.
2. Se pretende que el alumno adquiera conocimientos específicos sobre las toxinas Cry, mecanismo de acción y su uso en el control de plagas.
3. Se pretende que el alumno, en unas prácticas de laboratorio, produzca toxinas Cry y las utilice en un bioensayo para comprobar su efectividad frente a un insecto plaga.
4. Se persigue también que se establezca un debate sobre la seguridad de los alimentos modificados genéticamente.
5. Se pretende que el alumno haga uso del material bibliográfico especializado y que se analice de una forma crítica.
6. Se persigue que el alumno haga una exposición de al menos un trabajo científico con objeto de profundizar sobre uno de los temas relacionados con las toxinas Cry y con la oportunidad de hacer una exposición en público de resultados científicos.
Bibliografía:
Schnepf et al. 1998. Bacillus thuringiensis and its pesticidal crystal proteins. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 62:775-806.
Joung 2000. A review of the environmental impacts of the microbial insecticida Bacillus thuringiensis. Technical Bulletin Nº 29 of the Horticultural Research and Development Centre.
Siegel 2001. The mammalian safety of Bacillus thuringiensis-based insecticidas. Journal of Invertebrate Pathology. 77:13-21.
Feber. 1999. Risks and Benefits: GM Crops in the Cross Hairs. Science. 286:1662-1666.
Zhao et al. 2003. Transgenic plants expressing two Bacillus thuringiensis toxins delay insect resistance evolution. Nature Biotechnology. 21:1493-1497.
Sistema de evaluación:
Participación activa en clases, seminarios, etc., y Otras Actividades que garanticen una evaluación objetiva.



Anhidrobiosis: Vida sin agua
Profesor: D. Maximino Manzanera Ruiz
En el curso "" se realizará una revisión sobre los estudios que se han puesto en marcha o están en fase de experimentación para identificar organismos capaces de sobrevivir ante la falta de agua, así como los mecanismos moleculares involucrados en esta tolerancia, y sus posibles aplicaciones biotecnológicas.En este curso de doctorado se persiguen los siguientes objetivos pedagógicos:
I.- INTRODUCCIÓN:
1. Se pretende que el alumno aprenda el concepto de anhidrobionte, definido como organismo capaz de detener su metabolismo y establecerse en una animación suspendida hasta el reestablecimiento de las condiciones óptimas para la vida tras la reaparición del agua.
2. Se pretende que el alumno adquiera conocimientos específicos sobre aislamientos de organismos tolerantes a la desecación, y los mecanismos moleculares implicados en la resistencia.
II.- PRÁCTICAS:
3. También se pretende que el alumno, mediante prácticas de laboratorio, aísle organismos resistentes a desecación y los utilice en ensayos para comprobar su supervivencia frente a la falta de agua.
III.- DISCUSIÓN
4. Se persigue también que se establezca un debate sobre las aplicaciones potenciales de estos mecanismos así como de aquellas que ya se han puesto en marcha.
5. Se pretende que el alumno haga uso del material bibliográfico especializado y que se analice de una forma crítica.6. Por último perseguimos que el alumno haga una exposición de al menos un trabajo científico con objeto de profundizar sobre uno de los temas relacionados con la tolerancia a la desecación y con la oportunidad de hacer una exposición en público de resultados científicos.
BIBLIOGRAFÍA BÁSICA

• Goyal K, Walton LJ, Tunnacliffe A. 2005. LEA proteins prevent protein aggregation due to water stress.
• Biochem J. 15:388151-7.Tunnacliffe A, Lapinski J. 2001.
• Resurrecting Van Leeuwenhoek's rotifers: a reappraisal of the role of disaccharides in anhydrobiosis. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 29:1755-71.
• Manzanera M, Garcia de Castro A, Tondervik A, Rayner-Brandes M, Strom AR, Tunnacliffe A. 2002
• Hydroxyectoine is superior to trehalose for anhydrobiotic engineering of Pseudomonas putida KT2440.
• Appl Environ Microbiol. 68:4328-33. Paiva CL, Panek AD. 1996.
• Biotechnological applications of the disaccharide trehalose. Biotechnol Annu Rev. 2:293-314.Potts M. 1994.
• Desiccation tolerance of prokaryotes. Microbiol Rev. 58:755-805.

Métodos docente: actividades de aprendizaje y su valoración en créditos
* Clases presenciales (12 horas)
* Exposición del profesor
* Análisis crítico y discusión de artículos en grupo
* Exposiciones orales de trabajos
* Prácticas guiadas
* Examen global de los contenidos de la asignatura
* Trabajo no presencial (38 horas)
* Búsquedas bibliográficas sobre temas específicos
* Lectura crítica de artículos
* Realización de trabajos sobre temas específicos
* Preparación de exposiciones orales de temas específicos
* Tutorías virtuales (correo electrónico)
* Trabajos en grupo
* Prácticas guiadas

Criterios y Métodos de evaluación/es
* Participación en discusiones de clase (10%)
* Trabajo sobre un tema especifico del curso (30%)
* Exposición oral de un tema específico (30%)
* Participación en las prácticas (10%)

* Examen integrador de los contenidos del curso (20%) Idioma en que se imparte: Castellano con lecturas en inglés




SISTEMA DE EVALUACIÓN COMUN PARA TODOS LOS CURSOS:
1. Realización de distintos tipos de prácticas
2. Trabajos presentados y académicamente dirigidos, teóricos o prácticos, sobre el contenido del curso.
3. Pruebas periódicas, exámenes finales (orales, escritos)
4. Participación activa en clases, seminarios, etc., y Otras Actividades que garanticen una evaluación objetiva